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靖翔

铜虫 (初入文坛)

[求助] 含磺酸钠基团的分子如何用高斯优化结构?

本人想用高斯软件(GaussView 5.0.8)优化一个含磺酸钠基团的有机小分子,发现始终不能正常结束,请问是什么原因啊?不胜感谢。
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刚上大学,我们怀着憧憬看了《奋斗》,当我们踟躇的时候,我们看了《我的青春谁做主》,就当我们即将豁然开朗的时候,一部《蜗居》把我们全拍死了。绝望中,我.
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
贴出输出文件的结尾给大家看下啊。。。等等,用GaussView优化?你说那个小刷子?那只是一个很粗略的消除不合理结构的东东。。。
理论与计算化学,化学物理,生物物理
2楼2013-05-17 05:07:19
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靖翔

铜虫 (初入文坛)

除了用GaussView画分子,然后优化外。还有其它可以方法可以画分子优化吗?谢谢。
刚上大学,我们怀着憧憬看了《奋斗》,当我们踟躇的时候,我们看了《我的青春谁做主》,就当我们即将豁然开朗的时候,一部《蜗居》把我们全拍死了。绝望中,我.
3楼2013-05-26 19:06:21
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

画图用GaussianView,优化计算用Gaussian
独立之精神自由之思想
4楼2013-05-28 14:58:06
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

把输出文件(log或者out文件)里的内容贴出来让大家看看啊
独立之精神自由之思想
5楼2013-05-28 14:59:08
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靖翔

铜虫 (初入文坛)

我需要优化的分子是一个含磺酸根,OH和NH的有机分子,在水溶剂体系。然后有朋友告诉我在用GView优化时,要使每个磺酸根变成水合形式,OH和NH要跟水的氧原子形成氢键,N和Cl要吸引很多水的H在附近。这三个操作如何画呢?请高手指点,不胜感谢。
刚上大学,我们怀着憧憬看了《奋斗》,当我们踟躇的时候,我们看了《我的青春谁做主》,就当我们即将豁然开朗的时候,一部《蜗居》把我们全拍死了。绝望中,我.
6楼2013-05-28 21:09:15
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