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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请教下 多肽的CD测试结果如何分析
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hk289

银虫 (小有名气)

[求助] 请教下 多肽的CD测试结果如何分析

近期做了多肽的圆二色谱分析想分析其构象在不同条件下的变化。测量时以Buffer作为空白并减去得到结果，有的时候会得到的信号图形全部在0以下，利用机子（Jasco J-810 circular dichroism spectropolarimeter）自带软件无法解析。可能信躁比太低（因为我对同一个样品连续测几次，结果不太一样），这到底怎么回事呢？请指点下。

有的样品利用机子自带的软件可以分析结果。这个程序分析结果的方法可能就是拿标准的螺旋、折叠、转角和无序曲线与样品曲线进行拟合计算，然后得出了各个二级结构所占的组分，因为看基本上大部分文献设计CD图，都会根据图形直接说这个是什么构象，我分析这个多肽的构象很奇怪，这个多肽（就10几个氨基酸组成）会形成这4种构象全部包括了，应该是怎样去分析这个得到的曲线？我得到的曲线跟标准的螺旋、折叠、转角和无序曲线差别较大，所以我也不能直接说这个构象就是螺旋或者什么的。麻烦指点下。

谢谢
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1楼 2013-05-11 16:59:13
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夜猫子900918

金虫 (小有名气)
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币-2, 应助指数-1, 违规存档, 请不要刷应助指数，这个明显不是应助 2013-05-13 08:59:21
同求啊，我接下来也要用到好多CD测蛋白构象，现在基本不懂
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2楼2013-05-12 21:15:17
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e2zhanbo

铜虫 (初入文坛)
1.你的波长扫描范围是多少？
2.波长范围内HT电压值在什么水平，比如不超过600？
3.同一样品，你是换样多次测，还是没换样多次测的？
4.用的什么算法或计算软件？
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3楼2013-05-13 14:39:00
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hk289

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by e2zhanbo at 2013-05-13 14:39:00
1.你的波长扫描范围是多少？
2.波长范围内HT电压值在什么水平，比如不超过600？
3.同一样品，你是换样多次测，还是没换样多次测的？
4.用的什么算法或计算软件？

谢谢你的关注
1波长190-260nm
2.HT低于600，190-200nm之间的信号高于400
3.没换样，比色皿位置也没动。测完得到曲线之后，再测一次。
4.自己自带的软件，名字我还真没记住，算法应该就是拿四个构象（螺旋、折叠、转角和无序）的标准曲线与测量得到的曲线进行拟合计算，算出哪部分满足哪种构象，会得到结果如：helix 20% turn 30% beta 40% random 10%，就是类似这样的结果。我现在就是搞不动文献中基本没提到过这种结果的，一般就是说曲线表示的是某个特定的构象？我是应该关注这些不同比例中占最大比例的构象还是由这些不同的构象比例会告诉我整体的构象到底是什么个东西？
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4楼2013-05-13 16:38:38
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e2zhanbo

铜虫 (初入文坛)
CD用来表征，定性分析，计算的数据只能拿来预估和判断，
还不能完全确定结构成分，所以文献里没有这些计算数据；
多是条件变化，用CD表征结构变化；
已知每种结构都有特征峰值波长，比如alpha 在222nm和208nm附近的负峰，192nm附近的正峰
多是从峰型（飘移或峰值比）来初判那种结构是主要成分
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5楼2013-05-14 10:52:05
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hk289

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by e2zhanbo at 2013-05-14 10:52:05
CD用来表征，定性分析，计算的数据只能拿来预估和判断，
还不能完全确定结构成分，所以文献里没有这些计算数据；
多是条件变化，用CD表征结构变化；
已知每种结构都有特征峰值波长，比如alpha 在222nm和208nm附近 ...

好的 谢谢
条件的变化导致曲线不同，但是我很难将我的曲线和每个结构的特征峰波长对应起来，基本上跟每一种都不一样。
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6楼2013-05-17 21:50:34
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师师123

铜虫 (小有名气)
想问一下楼主这个软件是J-810上面自带的吗？从来没注意它能分析二级结构，要怎么拟合呢，能不能介绍一下流程啊，学习学习！
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7楼2014-09-07 16:24:51
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