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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何截取一定范围内的水分子，并提取编号
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mojie1987

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何截取一定范围内的水分子，并提取编号

肿么样才可以截断离中心一定范围内的水分子，并提取截取后的水分子和残基的编号？比如取离一个残基（编号136）20埃以内的水分子，并提取这个范围内的残基及水分子的编号肿么弄哇。。。
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1楼 2013-05-09 09:28:42
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mojie1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-05-09 09:39:04
vmd命令

set sel  
$sel writepdb water-sel.pdb

这样就把你要选择的水分子都单独选择出来，存在 water-sel.pdb

额，，，这个原子编号肿么弄出来哇。只有残基编号。。。原子编号是重排的哇。。。
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3楼2013-05-09 10:00:06
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mojie1987: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢啦。。。。。 2013-05-09 09:57:40
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢交流 2013-05-09 10:41:20
vmd命令

set sel [atomselect top "water and within 20 of resid 136"]
$sel writepdb water-sel.pdb

这样就把你要选择的水分子都单独选择出来，存在 water-sel.pdb
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2楼2013-05-09 09:39:04
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mojie1987 at 2013-05-09 10:00:06
额，，，这个原子编号肿么弄出来哇。只有残基编号。。。原子编号是重排的哇。。。...

set sel [atomselect top "water and within 20 of resid 136"]

$sel get serial

这样就把你要选择的原子序号(从1 开始的) 输出在VMD 的命令窗口

有时间多看看VMD 的手册吧，VMD 对你学习MD模拟很有帮助的。
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4楼2013-05-09 14:01:30
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mojie1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-05-09 14:01:30
set sel  

$sel get serial

这样就把你要选择的原子序号(从1 开始的) 输出在VMD 的命令窗口

有时间多看看VMD 的手册吧，VMD 对你学习MD模拟很有帮助的。...

谢谢啦~~~
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5楼2013-06-06 11:13:06
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