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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于磷酸银电子结构计算的问题
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farfaraway08

铜虫 (著名写手)

[交流] 关于磷酸银电子结构计算的问题

大家好，最近在学习MS计算半导体结构，在计算磷酸银结构的时候，出现了一个问题。从小木虫导出的cif文件导入到ms中进行计算的时候，发现模型很怪异，一个坐标处有两个银原子存在。计算一进行就出错。我把计算的模型贴在下面了，还请版里的各位帮忙讲解下是由于什么原因出现这样的情况，谢谢了。

emuchAg3PO4.JPG
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1楼 2013-05-08 16:48:18
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DFPT

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
farfaraway08(金币+1): 谢谢参与
farfaraway08: 金币+4, 非常感谢您的解答，我马上去试试手动输入的方式。 2013-05-09 08:59:30
对于四方结构，不少空间群有着几种不同的原点选择方法。而直接导入cif的话，MS会直接选择默认的原点。
对于此类情况，建议根据cif内容手动建模，并且一定对比一下空间群的原点是否选择正确。
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2楼2013-05-08 16:52:44
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farfaraway08

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by DFPT at 2013-05-08 16:52:44
对于四方结构，不少空间群有着几种不同的原点选择方法。而直接导入cif的话，MS会直接选择默认的原点。
对于此类情况，建议根据cif内容手动建模，并且一定对比一下空间群的原点是否选择正确。

您好，我查到了cif的内容，但是发现在用ms构建磷酸银结构的时候出现了问题。下面的数值中Ag的sof为0.5，当按照前面的X,Y,Z输入进去的时候发现得到的是：Chosen position is within the specified tolerance (1.0) of a symmetry copy of itself.Do you wish to continue adding an atom at this position?不知为什么会出现这样的情况，还请您帮忙看看。谢谢您了。
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Ag   1  +1    12 h  0.2255(8)   0           0.5            0.5        0   
P    1  +5    2 a   0           0           0              1.         0   
O    1  -2    8 e   0.1469(3)   0.1469(3)   0.1469(3)      1.         0
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3楼2013-05-09 09:18:17
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DFPT

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ben_ladeng: 屏蔽内容 2013-05-10 00:39:08
本帖内容被屏蔽
4楼2013-05-09 23:21:50
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DFPT

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
之前回复有误，没看到Ag的z方向还有个0.5。
当Ag的坐标是如cif中一样时，会有LZ的情况发生，这是因为，根据F-43n的对称性，会有Ag坐标在(0.2255, 0, 0.5)和(0.2745, 0, 0.5)，而这两个原子的位置非常近。得到的结构图为：

同时可以看到，Ag在12h的占据态是0.5，也就是说，无论是(0.2255, 0, 1/2)还是(0.2745, 0, 0.5)，Ag离子只能占据一个。考虑到这两个都非常近，所以可以简化Ag的占据为(0.25, 0, 1/2)。此时结构图为：

同样的计算方法，曾经发布在文章J. Phys. Chem. C, 115 (2011), 4680-4687中。文章作者也是使用CASTEP进行计算的。
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5楼2013-05-09 23:42:38
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farfaraway08

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by DFPT at 2013-05-09 23:42:38
之前回复有误，没看到Ag的z方向还有个0.5。
当Ag的坐标是如cif中一样时，会有LZ的情况发生，这是因为，根据F-43n的对称性，会有Ag坐标在(0.2255, 0, 0.5)和(0.2745, 0, 0.5)，而这两个原子的位置非常近。得到的结构 ...

非常感谢，真心的谢谢您的详细解答。太感谢您了，以后还请您多多帮忙指教。
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6楼2013-05-10 18:02:08
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yy82610155

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用findit导出结构啊。
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7楼2014-04-02 15:45:15
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