24小时热门版块排行榜    

查看: 1120  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

ch_sunshine

新虫 (初入文坛)


[交流] 处理Illumina Methylation450k芯片大家都用什么方法\软件

处理过Illumina Methylation450k芯片的大侠交流下都是用什么方法或软件呀?
我最先接触的是Genome Studio(GS)软件,翻来覆去的看了好几遍User Guide。(没有人教 ,只能依样画葫了。。。)话说,软件就是方便呀!数据到进去就等结果了。唯一有点纠结的是数据nomalization这块,只提供了controls探针标准化,附带可选subtract Background。在Illumina官网查了下说是若只有一张片子的化背景扣除做与不做都无所谓了。关于差异甲基化这块,也就多了个检验方法的选择和fdr校正了(一直没发现fdr做与不做有什么差别)。用GS处理后很多问题,比如样本、位点质量控制(删除一些空值或detect P较大位点等)很难实现,而且没有看到几篇文章仅依赖GS处理,一般也就用来读个原始数据啥的。
     之后看到了一些R包专门用来处理该款芯片,尝试了下IMA 包,它的接口数据是GS输出的样本甲基化值,数据处理包括了上面提到的一些问题,也提供了包括quantile normalization 、peak correction 等。提到peak correcttion,又让我郁闷了,用于组数据实验时做这项校正结果多了4000多个差异位点,让原本就嫌位点多的我怎么办。。。。
大家都用过啥R软件,来交流下吧
回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一个小笨虫

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问前期工作您是自己做的还是找测序公司做的?
4楼2018-01-16 14:19:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

ch_sunshine

新虫 (初入文坛)


没有人玩这个的。。。
2楼2013-05-14 16:15:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ch_sunshine

新虫 (初入文坛)


看到一个今年刚发在Bioinfomatics上的BMIQ方法对beta值标准化,试了下。
3楼2013-05-16 15:37:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ch_sunshine

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
4楼: Originally posted by 一个小笨虫 at 2018-01-16 14:19:42
请问前期工作您是自己做的还是找测序公司做的?

这个话题好多年前提的,那时调研了下450k芯片分析,现在很少接触甲基化芯片了。今天搜了下相关内容,无意间回到这个帖子。不知道你说的前期工作是指哪方面的?就我理解,一般都是样品送给生物公司做实验,然后得到原始数据和通用分析结果。拿到这些数据可以直接后续分析,也可以从原始数据(idat)开始基于一些R包(如,minfi等)重头开始分析。蛮多文章使用R包分析,具体看你数据情况吧。
5楼2018-06-05 09:31:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +6 匹克i 2026-03-23 6/300 2026-03-24 21:09 by greychen00
[考研] 300分,材料,求调剂,英一数二 +5 超赞的 2026-03-24 5/250 2026-03-24 21:07 by 星空星月
[考研] 085600材料与化工调剂 +8 A-哆啦Z梦 2026-03-23 13/650 2026-03-24 21:05 by greychen00
[考研] 07化学280分求调剂 +6 722865 2026-03-23 6/300 2026-03-24 20:58 by allen-yin
[考研] 086003食品工程求调剂 +5 淼淼111 2026-03-24 5/250 2026-03-24 20:53 by lailaisimei
[考研] 材料学硕,求调剂 6+3 糖葫芦888ll 2026-03-22 7/350 2026-03-24 17:11 by hello七七
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +5 谷雨上岸 2026-03-23 6/300 2026-03-24 16:32 by laoshidan
[考研] 344求调剂 +3 desto 2026-03-24 3/150 2026-03-24 10:09 by 搏击518
[考研] 一志愿中南大学化学学硕0703总分337求调剂 +5 niko- 2026-03-22 5/250 2026-03-23 22:01 by fuyu_
[考研] 化学308分求调剂 +3 你好明天你好 2026-03-23 3/150 2026-03-23 20:11 by macy2011
[论文投稿] 急发核心期刊论文 +3 贤达问津 2026-03-23 5/250 2026-03-23 17:13 by 妹子不好惹
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap- 2026-03-22 9/450 2026-03-23 12:57 by yqdszhdap-
[考研] 317求调剂 +12 申子申申 2026-03-19 18/900 2026-03-22 22:23 by luoyongfeng
[考研] 寻找调剂 +4 倔强芒? 2026-03-21 4/200 2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 求调剂 +5 Zhangbod 2026-03-21 7/350 2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 求调剂 +4 要好好无聊 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:57 by 学员8dgXkO
[考研] 材料学硕333求调剂 +3 北道巷 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:17 by 学员8dgXkO
[考研] 材料与化工(0856)304求 B区 调剂 +3 邱gl 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:47 by lature00
信息提示
请填处理意见