[交流] 处理Illumina Methylation450k芯片大家都用什么方法\软件

处理过Illumina Methylation450k芯片的大侠交流下都是用什么方法或软件呀？ 我最先接触的是Genome Studio（GS）软件，翻来覆去的看了好几遍User Guide。（没有人教 ，只能依样画葫了。。。）话说，软件就是方便呀！数据到进去就等结果了。唯一有点纠结的是数据nomalization这块，只提供了controls探针标准化，附带可选subtract Background。在Illumina官网查了下说是若只有一张片子的化背景扣除做与不做都无所谓了。关于差异甲基化这块，也就多了个检验方法的选择和fdr校正了（一直没发现fdr做与不做有什么差别）。用GS处理后很多问题，比如样本、位点质量控制（删除一些空值或detect P较大位点等）很难实现，而且没有看到几篇文章仅依赖GS处理，一般也就用来读个原始数据啥的。      之后看到了一些R包专门用来处理该款芯片，尝试了下IMA 包，它的接口数据是GS输出的样本甲基化值，数据处理包括了上面提到的一些问题，也提供了包括quantile normalization 、peak correction 等。提到peak correcttion，又让我郁闷了，用于组数据实验时做这项校正结果多了4000多个差异位点，让原本就嫌位点多的我怎么办。。。。 大家都用过啥R软件，来交流下吧

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