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[交流]
处理Illumina Methylation450k芯片大家都用什么方法\软件
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处理过Illumina Methylation450k芯片的大侠交流下都是用什么方法或软件呀? 我最先接触的是Genome Studio(GS)软件,翻来覆去的看了好几遍User Guide。(没有人教 ,只能依样画葫了。。。)话说,软件就是方便呀!数据到进去就等结果了。唯一有点纠结的是数据nomalization这块,只提供了controls探针标准化,附带可选subtract Background。在Illumina官网查了下说是若只有一张片子的化背景扣除做与不做都无所谓了。关于差异甲基化这块,也就多了个检验方法的选择和fdr校正了(一直没发现fdr做与不做有什么差别 )。用GS处理后很多问题,比如样本、位点质量控制(删除一些空值或detect P较大位点等)很难实现,而且没有看到几篇文章仅依赖GS处理,一般也就用来读个原始数据啥的。之后看到了一些R包专门用来处理该款芯片,尝试了下IMA 包,它的接口数据是GS输出的样本甲基化值,数据处理包括了上面提到的一些问题,也提供了包括quantile normalization 、peak correction 等。提到peak correcttion,又让我郁闷了,用于组数据实验时做这项校正结果多了4000多个差异位点,让原本就嫌位点多的我怎么办。。。。 大家都用过啥R软件,来交流下吧 |
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)。用GS处理后很多问题,比如样本、位点质量控制(删除一些空值或detect P较大位点等)很难实现,而且没有看到几篇文章仅依赖GS处理,一般也就用来读个原始数据啥的。
回复此楼
。不知道你说的前期工作是指哪方面的?就我理解,一般都是样品送给生物公司做实验,然后得到原始数据和通用分析结果。拿到这些数据可以直接后续分析,也可以从原始数据(idat)开始基于一些R包(如,minfi等)重头开始分析。蛮多文章使用R包分析,具体看你数据情况吧。