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luocycn

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】运算fortran的问题,怀疑是不是MPI communication的时候出现问题

1. The program code is parallelizedand executed on a high performance computer cluster using 4 processors(by Intel Fortran compiler in Linux systems with OpenMPI)
接下来简单介绍一下程序:
1)        main.f90 是主程序,主要是调用其他程序
2)        主要的计算程序在thermodynamics.f90, tool.f90 and solver.f90
3)        Mpi.f90是communication between processes
4)        Ghostnode.f90是边界条件
5)        Input.f90主要是从input file里读取数据,output.f90就是输出计算结果,inti.f90主要是allocate数组
6)        Global.f90是定义的全局变量
现在我怀疑是不是MPI communication的时候出现问题,因为NaN的值出现在第一个processor的边界上,而且这个程序在自己的电脑(windows)下串行运行是OK的但是当我在超级计算机上必行运算时,程序就不行,然后我用DDT debug,发现在这里出现问题,如下图,然后我进一步check,发现变量xp有四个值是NaN, xp被计算用subroutineconvert_composition(ix,iy)。

2,By the way, 如果要运行这个程序的话需要:
Intel fotransompiler, intelmkl and open MPI.

3.source code 在src  file里, input file 里是需要读入的数据,结果会写在results file里。Makefile是用来compile code的。run.sh是PBS file.

程序在这里:http://pan.baidu.com/share/link? ... p;amp;uk=3305225013

十分感谢!

image001.jpg

[ Last edited by luocycn on 2013-5-4 at 14:52 ]
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kevin123581

金虫 (正式写手)

不好意思啊,我没学MPI ,只会一点openmp,这个估计帮不了你,不好意思
2楼2013-05-05 11:39:17
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luocycn

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kevin123581 at 2013-05-05 11:39:17
不好意思啊,我没学MPI ,只会一点openmp,这个估计帮不了你,不好意思

我也是初学,这个用的就是OpenMPI ?
by Intel Fortran compiler in Linux systems with OpenMPI
还是谢谢啊
3楼2013-05-05 16:20:12
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luocycn

新虫 (初入文坛)

继续求助。。。
4楼2013-05-05 16:20:45
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wangxn06

金虫 (正式写手)

xp的NaN出现在第几步?
5楼2013-05-06 08:18:17
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kevin123581

金虫 (正式写手)

openmp 和openmpi还是不一样的,我记得
6楼2013-05-06 11:23:17
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865504913

木虫 (著名写手)

这个我真不会,本科学的是fortran90,但是你说的MPI这个我真心没见过,帮不了你了。我现在都改用matlab编程序,如果是这方面的还可以交流一下下
充满挑战的生活只有主动出击才能赢得胜算!!
7楼2013-05-09 20:37:02
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onesupeng

金虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

不同版本的编译器也可能会引起类似的问题,换个编译器可能就好了
长期招收博士生,参见http://fsl-unsw.com
8楼2013-05-10 00:31:30
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abcd702848

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

哥们,我想问问那你是否想过在window7下面运行呢。用mpich2,呵呵,自己的浅见啊
我想要的,我一定争取;我想要的,但是不符合客观实际的,我会看着
9楼2013-05-28 21:02:01
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你PBS脚本就直接mpirun 不用加np指定CPU数么? 你有检查过实际跑的线程数么?会不会只跑了一个线程,然后算法本身要求至少要几个线程一类的。
10楼2013-07-04 18:07:11
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