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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请问G03并行cluster该怎样安装，谢谢！！
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suntao1982

木虫 (著名写手)

小木虫

[交流] 请问G03并行cluster该怎样安装，谢谢！！

请问G03并行cluster该怎样安装，谢谢！！期待高手出现！！！

[ Last edited by zzgyb on 2008-1-10 at 12:19 ]
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做中国人的化学！！！！
1楼 2007-09-26 19:00:57
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suntao1982

木虫 (著名写手)

小木虫
不过在网上看到的和你的还不是很一样，真的很麻烦啊。有时间向你请教，还有没有其他高手装过啊，大家把经历写出来，有奖励哦
赞一下 回复此楼
做中国人的化学！！！！
4楼2007-09-26 22:25:06
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查看全部 5 个回答

gggggdxn

★ ★ ★ ★
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie!!!，不过这个我已经有了，不过还是感谢你！
biezhi(金币+3,VIP+0):辛苦了，非常感谢
〇。技能要求
三年以上计算机使用经验，了解操作系统的概念，熟悉Linux或手头上有本Linux入门级
的书
会上网查资料和在BBS上问问题。会使用Gaussian。如果熟悉一些网络协议和基本原理
更好。
一。硬件：
1：P42.8G/1G ram/120G HD
2：Ce2.0G/768M ram/80G HD

二。操作系统：
WinXP pro, Redhat Linux(Fedora Core 1，从网上下载的光盘镜像(.iso文件))

三。软件：
VMware 5.0 30天体验版 http://www.vmware.com
Linda 7.1 4节点免费版 http://www.lindaspaces.com
Gaussian98 并行版（已编译好）
软件说明：
VMware是一款口碑不错的虚拟机软件，这个软件运行在一个操作系统上，可以模拟出一
个硬件环境，然后将另外一套操作系统安装到这个模拟的环境中。
Linda是Gaussian并行计算所需要的一个在计算机节点间进行通讯，传输计算数据和控制
指令的软件。
我得到的Gaussian是已经编译好的版本，不知道是在什么环境下编译的，但是可以在
Fedora Core 1下运行。
以上软件的详细介绍见各自的官方网站。

四。安装步骤
  1.安装VMware
    如果你想直接在一台机器上安装Linux，则可以跳过1,2部分。
    通过一下这个网址按要求注册后可以获得30天体验版的VMware5.0:
    http://www.vmware.com/vmwarestore/newstore/wkst_eval_login.jsp
    注册后vmware网站会给你注册的email发一封信，其中有安装需要的序列号。同时会
给出下载链接。
  2.在vmware中创建Linux虚拟机
    菜单File->New->Virtual Machine。Virtual machine configuration 选Custom。
    Virtual machine format 选New - workstation5。
    Guest operation system就是你要安装的操作系统的类型，选Linux
    Memory的设置要尽可能大些。一般可以指定自己机器一半的内存。
    Network connection我选择的是bridged，这样你安装的操作系统就和你的网络上的
机器具有相同的网络环境，网络设置上也和你自己用的机器类似，就是IP地址不同。
    注意最后设置Disk file时，一定要自己指定Disk file的路径到一个剩余空间最大
的驱动器，在本例中，disk file将达到2G多的大小。
    其他选项默认就可以了。
  3.安装Linux
    注：这一部分及以下部分需要Linux基础知识才能看懂。
    双击Devices那一栏中的CD-ROM，Connection中选Use ISO image，browse到Linux第
一张光盘的镜像文件。然后Start this virtual machine.
    Linux的安装不再详述，这方面网上的资料很多，只需注意如果你硬盘空间足够大，
选择安装所有模块就可以了，这样省事。如果空间有限，注意安装几个和C有关的编译
器，以及rlogin,rsh,rexec,telnet这些服务一定要安装。如果对linux不是很熟练，
建议把所有的管理工具和系统设置工具也装上。
  4.安装Gaussian
    我得到的是编译好的版本，所以无需再次编译，直接解包解压缩就可以了。我把解
包后的文件夹放到了/usr目录下。目录结构大概如下：
    /usr/g98
    /usr/g98/bsd
    /usr/g98/linda-exe

       .
       .
       .
  5.安装Linda
    下载的Linda是rpm文件，在图形界面中双击就自动安装了，默认安装到
    /usr/sca
    目录下，我忘了字符模式下的安装方法。
  6.设置Linux的rlogin
    这是很重要的一部分，最终的目标就是在控制台中输入rlogin nodeN就可以直接登
录到主机名为nodeN的计算机上。达到这个目的有以下几个要求。
    1）所有节点机的用户名和密码必须相同，而且用户名不能为root。
    2）所有节点机的gaussian和linda必须装在完全相同的目录下。
    3）/etc/hosts中包括所有节点机的IP和主机名，格式如下：
       IP 主机名
       例如：
       192.168.0.2 node1
       192.168.0.3 node2
       192.168.0.4 node3
            .        .
            .        .
            .        .
    4）/etc/hosts.equiv中包括所有节点机的主机名，格式如下：
       主机名
       例如：
       node1
       node2
       node3
         .
         .
         .
    5）/home/你的用户名/.rhosts中的内容与/etc/hosts.equiv中的相同
    6）/etc/securetty这个文件中加入以下几行：
       rlogin
       rsh
       rexec
    这时候在这台机器上输入：
       rlogin 这台机器的主机名
    就应当可以不提示输入密码登录。
  7.设置Linda
    只需要一个文件，在/home/你的用户名/.tsnet.config中输入所有的节点的主机名
，和/etc/hosts.equiv中的内容一样。
  8.设置计算节点
    在/home/你的用户名/下建立一个文件，名字任意，内容为你在计算中将要用到的节
点.格式与/etc/hosts.equiv中的相同。在本例中这个文件为.tsnet.nodes。如下箭头
所指处。
  9.设置运行环境
    在/home/你的用户名/.bashrc文件的最后加入以下内容：
    export PATH=${PATH}:"./"
    export g98root=/usr
    export PATH=${PATH}:"${g98root}/sca/linda7.1/intel-linux2.4-ws3/bin"
    export LINDA_PATH="${g98root}/sca/linda7.1/intel-linux2.4-ws3/bin"
    . ${g98root}/g98/bsd/g98.profile

    在/home/你的用户名/.bash_profile文件的最后加入以下内容：

    export GAUSS_LFLAGS="-nodefile /home/你的用户名/.tsnet.nodes" <--
    export g98root=/usr
    export PATH=${PATH}:"./"
    export PATH=${PATH}:"${g98root}/g98/linda7.1/intel-linux2.4-ws3/bin"
    export LINDA_PATH="${g03root}/g03/linda7.1/intel-linux2.4-ws3/bin"
    . ${g98root}/g98/bsd/g98.profile

    注意以上两个内容应用到你的系统中时需要修改相应的路径。
五。复制系统
    完成以后工作后将Linux操作系统关闭，退出VMware，然后将虚拟机文件的整个文件
夹以及扩展名为vmdk的Disk file（一般为4个：机器名.vmdk，机器名-s001.vmdk，机
器名-s002.vmdk，机器名-s003.vmdk）拷贝到另外一台也安装了VMware的机器上，注
意修改虚拟机文件redhat.vmx中diskfile的路径，以及机器名.vmdk中其他三个文件的路
径.复制完成后打开vmware，选择File->Open，browse到复制的机器名.vmdk，打开。将
网卡删除后再添加一块新的网卡（要不然会因为mac地址和原来的相同而发生冲突。）
启动系统，利用系统设置工具修改IP，主机名。依次操作，然后将所有的节点机都打
开，看能否相互无密码rlogin。
    在机器上单独安装Linux可以参照修改。
    在机器上单独安装Linux可以参照修改。
六。运行Gaussian
    建立一个Gaussian输入文件，尽量复杂一些，比如对一个几十个原子的分子进行结
构优化，这样好有时间察看运行状态。注意在输入文件中指定使用的CPU数目：
    %NprocLinda=你做的节点数目（这个版本的Linda最多支持4个）
    在其中任何一台计算机上，打开控制台，输入：
    g98l <输入文件.gjf
    不指定out文件是为了即时察看运行状态。
    在本地机器进入迭代求解自洽场后(l502.exel)，在其他的机器上察看进程：
    ps -a
    如果有l502.exel，那么就是成功了。
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2楼2007-09-26 22:00:18
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小红豆

主管区长 (知名作家)

优秀区长优秀区长

回答！

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
biezhi(金币+5,VIP+0):助你过1500，非常感谢，一切尽在不言中
suntao1982(金币+2,VIP+0):高手，谢谢！！
suntao1982(金币+1,VIP+0):再次感谢！
将g03_64.tar传到主节点上，解压安装在/usr/local下面，由于他的cluster没有设置NFS，只能在每个节点都安装了一次。修改用户的.bashrc文件如下： g03root=/usr/local
GAUSS_SCRDIR=/tmp
GAUSS_LFLAGS=''-nodelist "n01 n02 n03 n04"''
export g03root GAUSS_SCRDIR GAUSS_LFLAGS
. $g03root/g03/bsd/g03.profile   假设节点名为n01~n04 在根目录下设置这个文件.tsnet.config 内容包括： Tsnet.Node.lindarsharg: ssh 他的cluster节点间使用ssh通讯。   提交test397.com   %mem=16mw
!%nproc=2
!%nproclinda=4
!使用g03l input.com&提交作业
!%LindaWorkers=n01:2,n02:2,n03:2,n04:2
!使用g03 input.com&提交作业
#p rb3lyp/3-21g force test scf=novaracc   Gaussian Test Job 397:Valinomycin force   0,1
O,-1.3754834437,-2.5956821046,3.7664927822 ......   我使用的G03D01版，因此使用LindaWorkers关键词，使用g03 test397.com提交作业。   另外要注意文件： $g03root/g03/ntsnet中的linda路径是否正确。 还有：$g03root/g03/linda7.1/opteron-linux-I8/bin/LindaLauncher中的路径是否正确。   在哪个节点提交作业，他的临时文件就写在哪个节点中，ssh其它节点可以观察到并行作业在运行。


可用于G03并行计算的linux cluster安装手册完全版

一、准备事项
1.       微机若干台，其中Master为双网卡，其余为单网卡即可。
2.       Linux安装盘

二、安装系统 （过程略。注意：使每台机子上的用户有同样的密码，且属于相同用户组）

三、环境设定
1.       配置IP地址
分别为每台机子配置IP地址。其中Master一张网卡配置公网IP，另一张为内网IP。
2.       修改每台机子的 /etc/hosts文件，将所有节点的名称及IP地址填入(注：可能 需要注释掉127.0.0.1一行)。
例如： 192.168.1.1  master
192.168.1.2       node1
  ……………..
  ………………
  ……………..
3.       修改每台机子的/etc/hosts.equiv文件，将所有允许使用本机进行并行计算的机器名填入，一行一个机器名。
   例如： master
                 node1
     node2
    …
4.       修改Mater上/etc/hosts.conf文件如下：
order bind, hosts
multi on  

四、配置RSH服务
1.       激活RSH，修改/etc/xinetd.d/rsh文件，将“Disable=YES”改为”Disable=NO”
2.       启动rsh和rlogin服务。
3.       修改使用者自己目录下的.rhosts文件，填入你允许的主机，并修改属性为600。
例如： master
              node1
  node2
…
4.       从另一机子执行rsh命令，看能否实现无密码登录。（注意：只能是普通用户，不能是root用户，必须关闭防火墙。）

五、配置NFS服务
1.       在master上激活portmap并且设定开机激活
# /etc/rc.d/init.d/portmap start
# chkconfig –level 35 portmap on  
2.       设定/home目录NFS分享
# vi /etc/exports
/home 192.168.1.0/255.255.255.0(rw,sync,no_root_squash)
# export –rv
# /etc/rc.d/init.d/nfs start
# chkconfig –level 35 nfs on
3.       在slave上执行
# showmount –e master  
显示master下所开放出来的文件夹
4.       编辑/etc/fstab，使其一机就去mount这个文件夹
＃ vi /etc/fstab
  master:/home /home nfs auto,hard,bg,intr 0 0  

六、配置NIS服务
1.       激活master上的time和time-udp服务。
2.       建立NIS域名
＃ nisdomainname name (name可为任意名)
并在/etc/rc.d/rc.local中加入
/bin/nisdomain name
在/etc/sysconfig/network中加入
NISDOMAIN=name
3.       在/etc/ypserv.conf中加入
127.0.0.0／255.255.255.0  :*  :* :none
192.168.1.0/255.255.255.0  :* :* :none
*:*:*:deny
       4.  执行 # touch /etc/netgroup
       5.  激活NIS
            # /etc/rc.d/init.d/ypserv start
           # /etc/rc.d/init.d/yppasswdd start
           # chkconfig –level 35 ypserv on
           # chkconfig –level 35 yppasswdd on  
6.制作数据库
   # /usr/lib/yp/ypinit –m
注意：每次帐户变动后都必须执行这一步。
以上操作均在master上执行。
7. 设定slave上的nisdomainname, (同master)
8. 在/etc/yp.conf 中加入
  domain name server master
  (name即为domainname的名称, master为提供NIS服务的主机名)
9. 在/etc/passwd文件最后加入
“+::::::”
10. 修改/etc/nsswitch.conf, 加入：
     passwd:  files nis nisplus
     shadow:  files nis nisplus  
group:   files nis nisplus
hosts:    files nis dns
11. 激活NIS
    # /etc/rc.d/init.d/ypbind start
    # chkconfig –level 35 ypbind on
12. 执行
    # /usr/sbin/rpcinfo –p localhost
或
    # /usr/sbin/rpcinfo –u localhost ypbind
   查看ypbind是否注册到portmapper
13. 验证NIS是否正常工作，可在slave端执行
     # ypcat passwd
  查看是否有资料显示出来。

七、安装G03
1.       copy G03.tar到用户目录，并解压
2.       在/home下建tmp目录，改权限为777.
3.       在用户主目录下建tsnet.nodes文件，将所有可用节点列出，一行一个机器名。
4.       修改用户目录下的/bashrc文件，加入：
export g03root=/home/usrname  (usrname为用户名)
export GAUSS_SCRDIR=/home/tmp
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
  
至此，可用于G03并行计算的Cluster配置完毕。
  
参考资料：
1. 鸟哥的私房菜，简易cluster架设， http://linux.vbird.org/linux_server/0600cluster.php   
2. Marty’s Linux Cluster 架設日誌. http://web.csie.chu.edu.tw/~cs87668/cluster.htm
3. gentboy，Gaussian并行计算的简单实现。 量子化学网，http://www.quantumchemistry.net

[ Last edited by 小红豆 on 2007-9-26 at 22:28 ]
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3楼2007-09-26 22:16:25
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie!! 批评，关键手里没有那么多机子，没有实际操作过。
这个不是一行一行来学的。
要自己明白道理，然后参考这些内容，写出自己的步骤。
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5楼2007-09-26 22:30:37
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