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suntao1982木虫 (著名写手)
小木虫
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请问G03并行cluster该怎样安装，谢谢！！
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请问G03并行cluster该怎样安装，谢谢！！期待高手出现！！！ [ Last edited by zzgyb on 2008-1-10 at 12:19 ] |
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小红豆
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回答！
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biezhi(金币+5,VIP+0):助你过1500，非常感谢，一切尽在不言中
suntao1982(金币+2,VIP+0):高手，谢谢！！
suntao1982(金币+1,VIP+0):再次感谢！
biezhi(金币+5,VIP+0):助你过1500，非常感谢，一切尽在不言中
suntao1982(金币+2,VIP+0):高手，谢谢！！
suntao1982(金币+1,VIP+0):再次感谢！
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将g03_64.tar传到主节点上，解压安装在/usr/local下面，由于他的cluster没有设置NFS，只能在每个节点都安装了一次。修改用户的.bashrc文件如下： g03root=/usr/local GAUSS_SCRDIR=/tmp GAUSS_LFLAGS=''-nodelist "n01 n02 n03 n04"'' export g03root GAUSS_SCRDIR GAUSS_LFLAGS . $g03root/g03/bsd/g03.profile 假设节点名为n01~n04 在根目录下设置这个文件.tsnet.config 内容包括： Tsnet.Node.lindarsharg: ssh 他的cluster节点间使用ssh通讯。 提交test397.com %mem=16mw !%nproc=2 !%nproclinda=4 !使用g03l input.com&提交作业 !%LindaWorkers=n01:2,n02:2,n03:2,n04:2 !使用g03 input.com&提交作业 #p rb3lyp/3-21g force test scf=novaracc Gaussian Test Job 397:Valinomycin force 0,1 O,-1.3754834437,-2.5956821046,3.7664927822 ...... 我使用的G03D01版，因此使用LindaWorkers关键词，使用g03 test397.com提交作业。 另外要注意文件： $g03root/g03/ntsnet中的linda路径是否正确。 还有：$g03root/g03/linda7.1/opteron-linux-I8/bin/LindaLauncher中的路径是否正确。 在哪个节点提交作业，他的临时文件就写在哪个节点中，ssh其它节点可以观察到并行作业在运行。 可用于G03并行计算的linux cluster安装手册完全版 一、准备事项 1. 微机若干台，其中Master为双网卡，其余为单网卡即可。 2. Linux安装盘 二、安装系统 （过程略。注意：使每台机子上的用户有同样的密码，且属于相同用户组） 三、环境设定 1. 配置IP地址 分别为每台机子配置IP地址。其中Master一张网卡配置公网IP，另一张为内网IP。 2. 修改每台机子的 /etc/hosts文件，将所有节点的名称及IP地址填入(注：可能 需要注释掉127.0.0.1一行)。 例如： 192.168.1.1 master 192.168.1.2 node1 …………….. ……………… …………….. 3. 修改每台机子的/etc/hosts.equiv文件，将所有允许使用本机进行并行计算的机器名填入，一行一个机器名。 例如： master node1 node2 … 4. 修改Mater上/etc/hosts.conf文件如下： order bind, hosts multi on 四、配置RSH服务 1. 激活RSH，修改/etc/xinetd.d/rsh文件，将“Disable=YES”改为”Disable=NO” 2. 启动rsh和rlogin服务。 3. 修改使用者自己目录下的.rhosts文件，填入你允许的主机，并修改属性为600。 例如： master node1 node2 … 4. 从另一机子执行rsh命令，看能否实现无密码登录。（注意：只能是普通用户，不能是root用户，必须关闭防火墙。） 五、配置NFS服务 1. 在master上激活portmap并且设定开机激活 # /etc/rc.d/init.d/portmap start # chkconfig –level 35 portmap on 2. 设定/home目录NFS分享 # vi /etc/exports /home 192.168.1.0/255.255.255.0(rw,sync,no_root_squash) # export –rv # /etc/rc.d/init.d/nfs start # chkconfig –level 35 nfs on 3. 在slave上执行 # showmount –e master 显示master下所开放出来的文件夹 4. 编辑/etc/fstab，使其一机就去mount这个文件夹 ＃ vi /etc/fstab master:/home /home nfs auto,hard,bg,intr 0 0 六、配置NIS服务 1. 激活master上的time和time-udp服务。 2. 建立NIS域名 ＃ nisdomainname name (name可为任意名) 并在/etc/rc.d/rc.local中加入 /bin/nisdomain name 在/etc/sysconfig/network中加入 NISDOMAIN=name 3. 在/etc/ypserv.conf中加入 127.0.0.0／255.255.255.0 :* :* :none 192.168.1.0/255.255.255.0 :* :* :none *:*:*:deny 4. 执行 # touch /etc/netgroup 5. 激活NIS # /etc/rc.d/init.d/ypserv start # /etc/rc.d/init.d/yppasswdd start # chkconfig –level 35 ypserv on # chkconfig –level 35 yppasswdd on 6.制作数据库 # /usr/lib/yp/ypinit –m 注意：每次帐户变动后都必须执行这一步。 以上操作均在master上执行。 7. 设定slave上的nisdomainname, (同master) 8. 在/etc/yp.conf 中加入 domain name server master (name即为domainname的名称, master为提供NIS服务的主机名) 9. 在/etc/passwd文件最后加入 “+::::::” 10. 修改/etc/nsswitch.conf, 加入： passwd: files nis nisplus shadow: files nis nisplus group: files nis nisplus hosts: files nis dns 11. 激活NIS # /etc/rc.d/init.d/ypbind start # chkconfig –level 35 ypbind on 12. 执行 # /usr/sbin/rpcinfo –p localhost 或 # /usr/sbin/rpcinfo –u localhost ypbind 查看ypbind是否注册到portmapper 13. 验证NIS是否正常工作，可在slave端执行 # ypcat passwd 查看是否有资料显示出来。 七、安装G03 1. copy G03.tar到用户目录，并解压 2. 在/home下建tmp目录，改权限为777. 3. 在用户主目录下建tsnet.nodes文件，将所有可用节点列出，一行一个机器名。 4. 修改用户目录下的/bashrc文件，加入： export g03root=/home/usrname (usrname为用户名) export GAUSS_SCRDIR=/home/tmp source $g03root/g03/bsd/g03.profile 至此，可用于G03并行计算的Cluster配置完毕。 参考资料： 1. 鸟哥的私房菜，简易cluster架设， http://linux.vbird.org/linux_server/0600cluster.php 2. Marty’s Linux Cluster 架設日誌. http://web.csie.chu.edu.tw/~cs87668/cluster.htm 3. gentboy，Gaussian并行计算的简单实现。 量子化学网，http://www.quantumchemistry.net [ Last edited by 小红豆 on 2007-9-26 at 22:28 ] |
3楼2007-09-26 22:16:25
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suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie!!!，不过这个我已经有了，不过还是感谢你！
biezhi(金币+3,VIP+0):辛苦了，非常感谢
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie!!!，不过这个我已经有了，不过还是感谢你！
biezhi(金币+3,VIP+0):辛苦了，非常感谢
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〇。技能要求 三年以上计算机使用经验，了解操作系统的概念，熟悉Linux或手头上有本Linux入门级 的书 会上网查资料和在BBS上问问题。会使用Gaussian。如果熟悉一些网络协议和基本原理 更好。 一。硬件： 1：P42.8G/1G ram/120G HD 2：Ce2.0G/768M ram/80G HD 二。操作系统： WinXP pro, Redhat Linux(Fedora Core 1，从网上下载的光盘镜像(.iso文件)) 三。软件： VMware 5.0 30天体验版 http://www.vmware.com Linda 7.1 4节点免费版 http://www.lindaspaces.com Gaussian98 并行版（已编译好） 软件说明： VMware是一款口碑不错的虚拟机软件，这个软件运行在一个操作系统上，可以模拟出一 个硬件环境，然后将另外一套操作系统安装到这个模拟的环境中。 Linda是Gaussian并行计算所需要的一个在计算机节点间进行通讯，传输计算数据和控制 指令的软件。 我得到的Gaussian是已经编译好的版本，不知道是在什么环境下编译的，但是可以在 Fedora Core 1下运行。 以上软件的详细介绍见各自的官方网站。 四。安装步骤 1.安装VMware 如果你想直接在一台机器上安装Linux，则可以跳过1,2部分。 通过一下这个网址按要求注册后可以获得30天体验版的VMware5.0: http://www.vmware.com/vmwarestore/newstore/wkst_eval_login.jsp 注册后vmware网站会给你注册的email发一封信，其中有安装需要的序列号。同时会 给出下载链接。 2.在vmware中创建Linux虚拟机 菜单File->New->Virtual Machine。Virtual machine configuration 选Custom。 Virtual machine format 选New - workstation5。 Guest operation system就是你要安装的操作系统的类型，选Linux Memory的设置要尽可能大些。一般可以指定自己机器一半的内存。 Network connection我选择的是bridged，这样你安装的操作系统就和你的网络上的 机器具有相同的网络环境，网络设置上也和你自己用的机器类似，就是IP地址不同。 注意最后设置Disk file时，一定要自己指定Disk file的路径到一个剩余空间最大 的驱动器，在本例中，disk file将达到2G多的大小。 其他选项默认就可以了。 3.安装Linux 注：这一部分及以下部分需要Linux基础知识才能看懂。 双击Devices那一栏中的CD-ROM，Connection中选Use ISO image，browse到Linux第 一张光盘的镜像文件。然后Start this virtual machine. Linux的安装不再详述，这方面网上的资料很多，只需注意如果你硬盘空间足够大， 选择安装所有模块就可以了，这样省事。如果空间有限，注意安装几个和C有关的编译 器，以及rlogin,rsh,rexec,telnet这些服务一定要安装。如果对linux不是很熟练， 建议把所有的管理工具和系统设置工具也装上。 4.安装Gaussian 我得到的是编译好的版本，所以无需再次编译，直接解包解压缩就可以了。我把解 包后的文件夹放到了/usr目录下。目录结构大概如下： /usr/g98 /usr/g98/bsd /usr/g98/linda-exe . . . 5.安装Linda 下载的Linda是rpm文件，在图形界面中双击就自动安装了，默认安装到 /usr/sca 目录下，我忘了字符模式下的安装方法。 6.设置Linux的rlogin 这是很重要的一部分，最终的目标就是在控制台中输入rlogin nodeN就可以直接登 录到主机名为nodeN的计算机上。达到这个目的有以下几个要求。 1）所有节点机的用户名和密码必须相同，而且用户名不能为root。 2）所有节点机的gaussian和linda必须装在完全相同的目录下。 3）/etc/hosts中包括所有节点机的IP和主机名，格式如下： IP 主机名 例如： 192.168.0.2 node1 192.168.0.3 node2 192.168.0.4 node3 . . . . . . 4）/etc/hosts.equiv中包括所有节点机的主机名，格式如下： 主机名 例如： node1 node2 node3 . . . 5）/home/你的用户名/.rhosts中的内容与/etc/hosts.equiv中的相同 6）/etc/securetty这个文件中加入以下几行： rlogin rsh rexec 这时候在这台机器上输入： rlogin 这台机器的主机名 就应当可以不提示输入密码登录。 7.设置Linda 只需要一个文件，在/home/你的用户名/.tsnet.config中输入所有的节点的主机名 ，和/etc/hosts.equiv中的内容一样。 8.设置计算节点 在/home/你的用户名/下建立一个文件，名字任意，内容为你在计算中将要用到的节 点.格式与/etc/hosts.equiv中的相同。在本例中这个文件为.tsnet.nodes。如下箭头 所指处。 9.设置运行环境 在/home/你的用户名/.bashrc文件的最后加入以下内容： export PATH=${PATH}:"./" export g98root=/usr export PATH=${PATH}:"${g98root}/sca/linda7.1/intel-linux2.4-ws3/bin" export LINDA_PATH="${g98root}/sca/linda7.1/intel-linux2.4-ws3/bin" . ${g98root}/g98/bsd/g98.profile 在/home/你的用户名/.bash_profile文件的最后加入以下内容： export GAUSS_LFLAGS="-nodefile /home/你的用户名/.tsnet.nodes" <-- export g98root=/usr export PATH=${PATH}:"./" export PATH=${PATH}:"${g98root}/g98/linda7.1/intel-linux2.4-ws3/bin" export LINDA_PATH="${g03root}/g03/linda7.1/intel-linux2.4-ws3/bin" . ${g98root}/g98/bsd/g98.profile 注意以上两个内容应用到你的系统中时需要修改相应的路径。 五。复制系统 完成以后工作后将Linux操作系统关闭，退出VMware，然后将虚拟机文件的整个文件 夹以及扩展名为vmdk的Disk file（一般为4个：机器名.vmdk，机器名-s001.vmdk，机 器名-s002.vmdk，机器名-s003.vmdk）拷贝到另外一台也安装了VMware的机器上，注 意修改虚拟机文件redhat.vmx中diskfile的路径，以及机器名.vmdk中其他三个文件的路 径.复制完成后打开vmware，选择File->Open，browse到复制的机器名.vmdk，打开。将 网卡删除后再添加一块新的网卡（要不然会因为mac地址和原来的相同而发生冲突。） 启动系统，利用系统设置工具修改IP，主机名。依次操作，然后将所有的节点机都打 开，看能否相互无密码rlogin。 在机器上单独安装Linux可以参照修改。 在机器上单独安装Linux可以参照修改。 六。运行Gaussian 建立一个Gaussian输入文件，尽量复杂一些，比如对一个几十个原子的分子进行结 构优化，这样好有时间察看运行状态。注意在输入文件中指定使用的CPU数目： %NprocLinda=你做的节点数目（这个版本的Linda最多支持4个） 在其中任何一台计算机上，打开控制台，输入： g98l <输入文件.gjf 不指定out文件是为了即时察看运行状态。 在本地机器进入迭代求解自洽场后(l502.exel)，在其他的机器上察看进程： ps -a 如果有l502.exel，那么就是成功了。 |
2楼2007-09-26 22:00:18
suntao1982
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