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崔永霞

铁虫 (小有名气)

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专业: 生物化学

[求助] 引物设计

各位高手，知道一个酶的完整的cDNA序列，如何根据这个完整的cDNA序列设计引物，用于PCR扩增。

[ Last edited by gyesang on 2013-5-3 at 19:46 ]

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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！

1楼 2013-05-03 12:06:41

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HTGe

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★
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崔永霞(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-05-04 13:20:46
gyesang: 回帖置顶 2013-05-04 13:20:48

一般大家都习惯用Primer5来设计引物，教程网上有，如果你找不到，留邮箱给我，我发给你。引物设计有 3 条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。具体实现这 3 条基本原则需要考虑到诸多因素，如引物长度（primer length），产物长度（product length），序列 Tm 值 (melting temperature)，引物与模板形成双链的内部稳定性(internal stability, 用 ∆G 值反映)，形成引物二聚体(primer dimer)及发夹结构（duplex formation and hairpin）的能值，在错配位点（false priming site）的引发效率，引物及产物的GC 含量（composition）等等。这些因素在Primer5的引物设计过程中都有评价指标，具体步骤在网上看看教程就行了，不难。