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SSR跑胶结果如何确定基因位点以及等位基因数
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本人是做SSR的新手，跑完胶之后要写论文了，不过不知道如何根据跑胶结果来确定有多少基因位点和等位基因数，下面是我用两个引物做出的跑胶结果，希望前辈们以这两张图为例子告诉怎么确认基因位点和等位基因数，非常感谢 IMG_1822.JPG  IMG_1844.JPG |
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3楼2013-05-29 13:24:02
【答案】应助回帖
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小丹木木: 金币+4, 鼓励积极热心应助 2013-05-29 16:06:02
小丹木木: 金币+4, 鼓励积极热心应助 2013-05-29 16:06:02
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一般来说，SSR在一个样本里只会跑出1-2条带，虽然也有超多带的情况，但是是少数。 因为SSR两侧的序列照道理是特异的，如果出现很多带，一般是引物设计的问题。 其次，会在一条主带下出现比主带稍浅的影子带，有时候不止一条。这也是正常的，很难避免。 楼主需要提供你用来跑微卫星的群体是怎样的？有没有可能在群体所有样本中都出现同样大小的一条带？ 如果是野生群体，这应该不大可能。如果是一个家系，要看父母本的状况确定。 如果不大可能都出同一条带，那么下面都出现的带就是引物设计带来的在其他位点扩增出来的带，而非微卫星了。 |
2楼2013-05-29 13:20:57