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金虫 (小有名气)

[求助] SSR跑胶结果如何确定基因位点以及等位基因数

本人是做SSR的新手,跑完胶之后要写论文了,不过不知道如何根据跑胶结果来确定有多少基因位点和等位基因数,下面是我用两个引物做出的跑胶结果,希望前辈们以这两张图为例子告诉怎么确认基因位点和等位基因数,非常感谢

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berylstone

新虫 (初入文坛)

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小丹木木: 金币+4, 鼓励积极热心应助 2013-05-29 16:06:02
一般来说,SSR在一个样本里只会跑出1-2条带,虽然也有超多带的情况,但是是少数。
因为SSR两侧的序列照道理是特异的,如果出现很多带,一般是引物设计的问题。

其次,会在一条主带下出现比主带稍浅的影子带,有时候不止一条。这也是正常的,很难避免。

楼主需要提供你用来跑微卫星的群体是怎样的?有没有可能在群体所有样本中都出现同样大小的一条带?
如果是野生群体,这应该不大可能。如果是一个家系,要看父母本的状况确定。

如果不大可能都出同一条带,那么下面都出现的带就是引物设计带来的在其他位点扩增出来的带,而非微卫星了。
2楼2013-05-29 13:20:57
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berylstone

新虫 (初入文坛)

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gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-29 18:41:11
等位基因数要看这条引物在这个群体中所跑出来的所有的不相同的带的大小。如果影子带和原带相同较浓的话,稀释后再跑胶看看,如果没有出现影子带比原带淡,我们一般觉得影子带也是一条等位基因,而不是pcr过程造成的链滑动。
3楼2013-05-29 13:24:02
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