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heibeidedong

木虫 (正式写手)

[求助] 关于boundary command

一直对boundary command没有搞清楚,p,f,s,m这些模拟盒子的边界对即将在盒子中建立的原子有何影响,还有就是我试验了一下,建一个金刚石单胞,为什么以 p p p为边界条件 和以p p m 为边界条件的模拟盒子的尺寸不一样, p p p模拟盒子中有8个原子坐标,而p p m中有10个原子坐标,为什么?下面是两个dump文件的一部分(1)
ITEM: TIMESTEP
0
ITEM: NUMBER OF ATOMS
8
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
0 3.567
0 3.567
0 3.567
ITEM: ATOMS id type x y z
1 1 0 0 0
2 1 0 1.7835 1.7835
3 1 1.7835 0 1.7835
4 1 1.7835 1.7835 0
5 1 0.89175 0.89175 0.89175
6 1 0.89175 2.67525 2.67525
7 1 2.67525 0.89175 2.67525
8 1 2.67525 2.67525 0.89175


(2)ITEM: TIMESTEP
0
ITEM: NUMBER OF ATOMS
10
ITEM: BOX BOUNDS pp pp ss
0 3.567
0 3.567
-0.0003567 3.56736
ITEM: ATOMS id type x y z
1 1 0 0 0
2 1 0 1.7835 1.7835
3 1 1.7835 0 1.7835
4 1 1.7835 1.7835 0
5 1 0.89175 0.89175 0.89175
6 1 0.89175 2.67525 2.67525
7 1 2.67525 0.89175 2.67525
8 1 2.67525 2.67525 0.89175
9 1 0 0 3.567
10 1 1.7835 1.7835 3.567
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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heibeidedong: 金币+5, 有帮助 2013-04-21 23:14:52
边界条件会影响原子的重复位置,结构不一样很正常。 但如果把其周期性展开, 就清楚了。 LZ需要多琢磨。
2楼2013-04-21 18:34:25
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