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wocause

银虫 (小有名气)

[求助] 引物配对问题

我看到有篇文献上关于引物是不上下游配对给出而是上游下游分开,这样的情况假设我要合成的话是不是应该两两组合,合成六对引物呢???新上路,跪请各位大侠指点迷津!具体引物如下:
Gene      Primer         Sequence                                                                     Direction
COI        F1.2           5'-CNACNAAYCAYAARRAYMTYGG-3'                              Forward
              F2.1           5'-GCHCAYCAYATRTTYACHGTWGGW-3'                       Forward
              manco1F    5'-TACWCGAGCWTATTTTACAGGAGC-3'                       Forward   
              R2              5'-WCCWACDGTRAAYATRTGRTGDGC-3'                      Reverse
              CALVIN       5'-GGRAARAAWGTTAARTTWACTCC-3'                          Reverse
              PAT            5'-TCCAATGCACTAATCTGCCATATTA-3'                         Reverse
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gwbk

木虫 (正式写手)

如果F1.2 和 R2合成第一条DNA片段, F2.1和CALVIN 合成第二条片段,有可能F2.1与第一条片段内部序列相同或互补,这样设计引物更合理一些,他用的是一些简并引物,可能是做钓取DNA用的,如果引物互相配对,合成出来的东西很可能不是原来连续的DNA序列了,可能是基因组上东拼西凑的序列。

猜的,呵呵
2楼2013-04-20 09:02:23
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wocause

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gwbk at 2013-04-20 09:02:23
如果F1.2 和 R2合成第一条DNA片段, F2.1和CALVIN 合成第二条片段,有可能F2.1与第一条片段内部序列相同或互补,这样设计引物更合理一些,他用的是一些简并引物,可能是做钓取DNA用的,如果引物互相配对,合成出来的 ...

木有懂
3楼2013-04-20 16:37:17
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