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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 引物配对问题
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wocause

银虫 (小有名气)

[求助] 引物配对问题

我看到有篇文献上关于引物是不上下游配对给出而是上游下游分开，这样的情况假设我要合成的话是不是应该两两组合，合成六对引物呢？？？新上路，跪请各位大侠指点迷津！具体引物如下：
Gene      Primer         Sequence                                                                     Direction
COI        F1.2           5'-CNACNAAYCAYAARRAYMTYGG-3'                              Forward
              F2.1           5'-GCHCAYCAYATRTTYACHGTWGGW-3'                       Forward
              manco1F    5'-TACWCGAGCWTATTTTACAGGAGC-3'                       Forward   
              R2              5'-WCCWACDGTRAAYATRTGRTGDGC-3'                      Reverse
              CALVIN       5'-GGRAARAAWGTTAARTTWACTCC-3'                          Reverse
              PAT            5'-TCCAATGCACTAATCTGCCATATTA-3'                         Reverse
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1楼 2013-04-20 07:49:44
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gwbk

木虫 (正式写手)
如果F1.2 和 R2合成第一条DNA片段， F2.1和CALVIN 合成第二条片段，有可能F2.1与第一条片段内部序列相同或互补，这样设计引物更合理一些，他用的是一些简并引物，可能是做钓取DNA用的，如果引物互相配对，合成出来的东西很可能不是原来连续的DNA序列了，可能是基因组上东拼西凑的序列。

猜的，呵呵
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2楼2013-04-20 09:02:23
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wocause

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gwbk at 2013-04-20 09:02:23
如果F1.2 和 R2合成第一条DNA片段， F2.1和CALVIN 合成第二条片段，有可能F2.1与第一条片段内部序列相同或互补，这样设计引物更合理一些，他用的是一些简并引物，可能是做钓取DNA用的，如果引物互相配对，合成出来的 ...

木有懂
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3楼2013-04-20 16:37:17
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