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wocause

银虫 (小有名气)

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[求助] 引物配对问题

我看到有篇文献上关于引物是不上下游配对给出而是上游下游分开，这样的情况假设我要合成的话是不是应该两两组合，合成六对引物呢？？？新上路，跪请各位大侠指点迷津！具体引物如下：
Gene    Primer       Sequence                                                                   Direction
COI       F1.2          5'-CNACNAAYCAYAARRAYMTYGG-3'                            Forward
            F2.1          5'-GCHCAYCAYATRTTYACHGTWGGW-3'                      Forward
            manco1F 5'-TACWCGAGCWTATTTTACAGGAGC-3'                      Forward
            R2             5'-WCCWACDGTRAAYATRTGRTGDGC-3'                   Reverse
            CALVIN    5'-GGRAARAAWGTTAARTTWACTCC-3'                         Reverse
            PAT          5'-TCCAATGCACTAATCTGCCATATTA-3'                      Reverse

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1楼 2013-04-20 07:49:44

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gwbk

木虫 (正式写手)

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如果F1.2 和 R2合成第一条DNA片段， F2.1和CALVIN 合成第二条片段，有可能F2.1与第一条片段内部序列相同或互补，这样设计引物更合理一些，他用的是一些简并引物，可能是做钓取DNA用的，如果引物互相配对，合成出来的东西很可能不是原来连续的DNA序列了，可能是基因组上东拼西凑的序列。

猜的，呵呵

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2楼2013-04-20 09:02:23

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wocause

银虫 (小有名气)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by gwbk at 2013-04-20 09:02:23
如果F1.2 和 R2合成第一条DNA片段， F2.1和CALVIN 合成第二条片段，有可能F2.1与第一条片段内部序列相同或互补，这样设计引物更合理一些，他用的是一些简并引物，可能是做钓取DNA用的，如果引物互相配对，合成出来的 ...

木有懂

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3楼2013-04-20 16:37:17

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