24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1303  |  回复: 1

gezhenpeng

铜虫 (小有名气)

[求助] AMBER mm_pbsa.pl 无法提取构象

我在使用mm_pbsa.pl 的时候,第一步想先把构象提取出来,在shell中输入mm_pbsa.pl  snapshot.in > 2.log,看上去程序正常结束,但是只有2.log文件,没有输出构象文件,希望大家可以帮我看一下。下面是我的log文件和snapshot.in文件

2.log


=>> Init data
    Presuming executables of amber suite to be in /home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/amber10/exe

=>> Reading input parameters
    Found PREFIX => block0
    Found PATH => /home_soft/home/Lixy/gezhenpeng/cytc/ocyt_amber10_openmpi/production/x64_small_8core/4th/mmpbsa
    Found COMPLEX => 1
    Found RECEPTOR => 1
    Found LIGAND => 1
    Found COMPT => cmp.prmtop
    Found RECPT => wat.prmtop
    Found LIGPT => solute.prmtop
    Found GC => 1
    Found AS => 0
    Found DC => 0
    Found MM => 0
    Found GB => 0
    Found PB => 0
    Found MS => 0
    Found NM => 0
    Found BOX => YES
    Found NTOTAL => 37276
    Found NSTART => 1
    Found NSTOP => 303
    Found NFREQ => 1
    Found NUMBER_LIG_GROUPS => 1
    Found LSTART => 1
    Found LSTOP => 3537
    Found NUMBER_REC_GROUPS => 1
    Found RSTART => 3538
    Found RSTOP => 37236
    Found TRAJECTORY => cmps_eq8.0_8.6ns.mdcrd

=>> Checking sanity
    Checking GENERAL
    Setting START to default 1
    Setting STOP to default 10e10
    Setting OFFSET to default 1
    Setting VERBOSE to default 0
    Checking GC
    Checking TRAJ

=>> Creating input
    make_crd input

=>> Creating coordinates
    Executing makecrd
  
Amber8 Module: make_crg_hg
  
usage: make_crd_hg <  trajectory_file
  
Box info found:    88.9110000000000        89.1370000000000     
   53.8180000000000     
Box info found:    88.8950000000000        89.1210000000000     
   53.8080000000000     
Box info found:    88.8730000000000        89.1000000000000     
   53.7960000000000     
Box info found:    88.8720000000000        89.0980000000000     
   53.7950000000000     
Box info found:    88.8820000000000        89.1080000000000     
   53.8010000000000     
Box info found:    88.8670000000000        89.0930000000000     
   53.7920000000000     
Box info found:    88.8670000000000        89.0930000000000     
   53.7920000000000     
Box info found:    88.8740000000000        89.1000000000000     
   53.7960000000000     
Box info found:    88.8550000000000        89.0810000000000     
   53.7840000000000     
Box info found:    88.8500000000000        89.0760000000000     
   53.7820000000000     
Box info found:    88.8650000000000        89.0910000000000     
   53.7900000000000     
Box info found:    88.8340000000000        89.0600000000000     
   53.7720000000000     
Box info found:    88.8400000000000        89.0660000000000     
   53.7760000000000     
Box info found:    88.8300000000000        89.0560000000000     
   53.7690000000000     
Box info found:    88.8050000000000        89.0310000000000     
   53.7550000000000     
Box info found:    88.7910000000000        89.0170000000000     
   53.7460000000000     
Box info found:    88.7850000000000        89.0110000000000     
   53.7420000000000     
Box info found:    88.8140000000000        89.0400000000000     
   53.7600000000000     
Box info found:    88.8480000000000        89.0750000000000     
   53.7810000000000     
Box info found:    88.8330000000000        89.0590000000000     
   53.7710000000000     
Box info found:    88.8000000000000        89.0260000000000     
   53.7510000000000     
Box info found:    88.8300000000000        89.0560000000000     
   53.7690000000000     
Box info found:    88.8250000000000        89.0510000000000     
   53.7670000000000     
Box info found:    88.7980000000000        89.0240000000000     
   53.7500000000000     
Box info found:    88.7890000000000        89.0150000000000     
   53.7450000000000     
Box info found:    88.7920000000000        89.0180000000000     
   53.7460000000000     
Box info found:    88.8010000000000        89.0270000000000     
   53.7520000000000     
Box info found:    88.8250000000000        89.0510000000000     
   53.7660000000000     
Box info found:    88.8420000000000        89.0680000000000     
   53.7770000000000     
Box info found:    88.8410000000000        89.0670000000000     
   53.7760000000000     
Box info found:    88.8490000000000        89.0750000000000     
   53.7810000000000     
Box info found:    88.8630000000000        89.0890000000000     
   53.7890000000000     
Box info found:    88.8800000000000        89.1060000000000     
   53.8000000000000     
Box info found:    88.8980000000000        89.1250000000000     
   53.8110000000000     
Box info found:    88.8800000000000        89.1060000000000     
   53.8000000000000     
Box info found:    88.8590000000000        89.0850000000000     
   53.7870000000000     
Box info found:    88.8660000000000        89.0920000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8710000000000        89.0970000000000     
   53.7940000000000     
Box info found:    88.8570000000000        89.0830000000000     
   53.7860000000000     
Box info found:    88.8400000000000        89.0660000000000     
   53.7750000000000     
Box info found:    88.8410000000000        89.0680000000000     
   53.7760000000000     
Box info found:    88.8460000000000        89.0720000000000     
   53.7790000000000     
Box info found:    88.8360000000000        89.0620000000000     
   53.7730000000000     
Box info found:    88.8390000000000        89.0650000000000     
   53.7750000000000     
Box info found:    88.8500000000000        89.0770000000000     
   53.7820000000000     
Box info found:    88.8580000000000        89.0840000000000     
   53.7860000000000     
Box info found:    88.8660000000000        89.0930000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8620000000000        89.0890000000000     
   53.7890000000000     
Box info found:    88.8410000000000        89.0670000000000     
   53.7760000000000     
Box info found:    88.8330000000000        89.0590000000000     
   53.7710000000000     
Box info found:    88.8200000000000        89.0460000000000     
   53.7640000000000     
Box info found:    88.8060000000000        89.0320000000000     
   53.7550000000000     
Box info found:    88.8350000000000        89.0610000000000     
   53.7720000000000     
Box info found:    88.8580000000000        89.0840000000000     
   53.7860000000000     
Box info found:    88.8660000000000        89.0920000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8800000000000        89.1060000000000     
   53.7990000000000     
Box info found:    88.8820000000000        89.1080000000000     
   53.8010000000000     
Box info found:    88.8560000000000        89.0830000000000     
   53.7850000000000     
Box info found:    88.8710000000000        89.0970000000000     
   53.7940000000000     
Box info found:    88.8740000000000        89.1010000000000     
   53.7960000000000     
Box info found:    88.8450000000000        89.0710000000000     
   53.7780000000000     
Box info found:    88.8460000000000        89.0720000000000     
   53.7790000000000     
Box info found:    88.8630000000000        89.0890000000000     
   53.7890000000000     
Box info found:    88.8290000000000        89.0550000000000     
   53.7690000000000     
Box info found:    88.8350000000000        89.0620000000000     
   53.7730000000000     
Box info found:    88.8670000000000        89.0930000000000     
   53.7920000000000     
Box info found:    88.8600000000000        89.0860000000000     
   53.7880000000000     
Box info found:    88.9000000000000        89.1260000000000     
   53.8120000000000     
Box info found:    88.8990000000000        89.1250000000000     
   53.8110000000000     
Box info found:    88.9050000000000        89.1310000000000     
   53.8150000000000     
Box info found:    88.8870000000000        89.1130000000000     
   53.8040000000000     
Box info found:    88.8790000000000        89.1050000000000     
   53.7990000000000     
Box info found:    88.8800000000000        89.1070000000000     
   53.8000000000000     
Box info found:    88.8600000000000        89.0860000000000     
   53.7880000000000     
Box info found:    88.8600000000000        89.0870000000000     
   53.7880000000000     
Box info found:    88.8650000000000        89.0910000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8780000000000        89.1050000000000     
   53.7990000000000     
Box info found:    88.8600000000000        89.0860000000000     
   53.7870000000000     
Box info found:    88.8820000000000        89.1080000000000     
   53.8010000000000     
Box info found:    88.8870000000000        89.1130000000000     
   53.8040000000000     
Box info found:    88.9050000000000        89.1310000000000     
   53.8150000000000     
Box info found:    88.8960000000000        89.1220000000000     
   53.8090000000000     
Box info found:    88.8510000000000        89.0780000000000     
   53.7820000000000     
Box info found:    88.8520000000000        89.0780000000000     
   53.7830000000000     
Box info found:    88.8590000000000        89.0850000000000     
   53.7870000000000     
Box info found:    88.8520000000000        89.0790000000000     
   53.7830000000000     
Box info found:    88.8630000000000        89.0890000000000     
   53.7890000000000     
Box info found:    88.8710000000000        89.0970000000000     
   53.7940000000000     
Box info found:    88.8720000000000        89.0980000000000     
   53.7950000000000     
Box info found:    88.8700000000000        89.0960000000000     
   53.7940000000000     
Box info found:    88.8730000000000        89.1000000000000     
   53.7960000000000     
Box info found:    88.8410000000000        89.0670000000000     
   53.7760000000000     
Box info found:    88.8590000000000        89.0850000000000     
   53.7870000000000     
Box info found:    88.8420000000000        89.0680000000000     
   53.7770000000000     
Box info found:    88.8760000000000        89.1020000000000     
   53.7970000000000     
Box info found:    88.8660000000000        89.0920000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8660000000000        89.0930000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8610000000000        89.0870000000000     
   53.7880000000000     
Box info found:    88.8650000000000        89.0920000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8790000000000        89.1050000000000     
   53.7990000000000     
Box info found:    88.8790000000000        89.1050000000000     
   53.7990000000000     
Box info found:    88.8890000000000        89.1150000000000     
   53.8050000000000     
Box info found:    88.8940000000000        89.1200000000000     
   53.8080000000000     
Box info found:    88.8940000000000        89.1210000000000     
   53.8080000000000     
Box info found:    88.8850000000000        89.1110000000000     
   53.8030000000000     
Box info found:    88.8540000000000        89.0800000000000     
   53.7840000000000     
Box info found:    88.8540000000000        89.0800000000000     
   53.7840000000000     
Box info found:    88.8640000000000        89.0910000000000     
   53.7900000000000     
Box info found:    88.8760000000000        89.1020000000000     
   53.7970000000000     
Box info found:    88.8880000000000        89.1140000000000     
   53.8040000000000     
Box info found:    88.8750000000000        89.1010000000000     
   53.7970000000000     
Box info found:    88.8780000000000        89.1040000000000     
   53.7980000000000     
Box info found:    88.8680000000000        89.0940000000000     
   53.7920000000000     
Box info found:    88.8710000000000        89.0980000000000     
   53.7940000000000     
Box info found:    88.8860000000000        89.1120000000000     
   53.8030000000000     
Box info found:    88.8710000000000        89.0970000000000     
   53.7940000000000     
Box info found:    88.8650000000000        89.0920000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8380000000000        89.0650000000000     
   53.7750000000000     
Box info found:    88.8180000000000        89.0440000000000     
   53.7620000000000     
Box info found:    88.7930000000000        89.0190000000000     
   53.7470000000000     
Box info found:    88.8190000000000        89.0450000000000     
   53.7620000000000     
Box info found:    88.8410000000000        89.0670000000000     
   53.7760000000000     
Box info found:    88.8170000000000        89.0430000000000     
   53.7620000000000     
Box info found:    88.8300000000000        89.0560000000000     
   53.7690000000000     
Box info found:    88.8240000000000        89.0500000000000     
   53.7660000000000     
Box info found:    88.8200000000000        89.0460000000000     
   53.7630000000000     
Box info found:    88.8040000000000        89.0300000000000     
   53.7540000000000     
Box info found:    88.8410000000000        89.0670000000000     
   53.7760000000000     
Box info found:    88.8670000000000        89.0930000000000     
   53.7920000000000     
Box info found:    88.8580000000000        89.0840000000000     
   53.7860000000000     
Box info found:    88.8490000000000        89.0750000000000     
   53.7810000000000     
Box info found:    88.8580000000000        89.0840000000000     
   53.7860000000000     
Box info found:    88.8730000000000        89.1000000000000     
   53.7960000000000     
Box info found:    88.8550000000000        89.0820000000000     
   53.7850000000000     
Box info found:    88.8390000000000        89.0650000000000     
   53.7750000000000     
Box info found:    88.8120000000000        89.0380000000000     
   53.7580000000000     
Box info found:    88.8020000000000        89.0280000000000     
   53.7530000000000     
Box info found:    88.8020000000000        89.0280000000000     
   53.7530000000000     
Box info found:    88.8430000000000        89.0690000000000     
   53.7770000000000     
Box info found:    88.8270000000000        89.0530000000000     
   53.7680000000000     
Box info found:    88.8200000000000        89.0460000000000     
   53.7630000000000     
Box info found:    88.7460000000000        88.9720000000000     
   53.7190000000000     
Box info found:    88.7270000000000        88.9530000000000     
   53.7070000000000     
Box info found:    88.7200000000000        88.9450000000000     
   53.7030000000000     
Box info found:    88.7450000000000        88.9710000000000     
   53.7180000000000     
Box info found:    88.7620000000000        88.9880000000000     
   53.7280000000000     
Box info found:    88.7490000000000        88.9750000000000     
   53.7210000000000     
Box info found:    88.7720000000000        88.9980000000000     
   53.7340000000000     
Box info found:    88.7720000000000        88.9980000000000     
   53.7340000000000     
Box info found:    88.7720000000000        88.9980000000000     
   53.7340000000000     
Box info found:    88.7870000000000        89.0130000000000     
   53.7430000000000     
Box info found:    88.7780000000000        89.0040000000000     
   53.7380000000000     
Box info found:    88.7850000000000        89.0110000000000     
   53.7420000000000     
Box info found:    88.8030000000000        89.0290000000000     
   53.7530000000000     
Box info found:    88.8020000000000        89.0280000000000     
   53.7520000000000     
Box info found:    88.8030000000000        89.0290000000000     
   53.7530000000000     
Box info found:    88.8350000000000        89.0610000000000     
   53.7730000000000     
Box info found:    88.8620000000000        89.0880000000000     
   53.7890000000000     
Box info found:    88.8860000000000        89.1120000000000     
   53.8030000000000     
Box info found:    88.8930000000000        89.1190000000000     
   53.8070000000000     
Box info found:    88.9200000000000        89.1460000000000     
   53.8240000000000     
Box info found:    88.9360000000000        89.1620000000000     
   53.8330000000000     
Box info found:    88.9220000000000        89.1490000000000     
   53.8250000000000     
Box info found:    88.9010000000000        89.1270000000000     
   53.8120000000000     
Box info found:    88.8830000000000        89.1090000000000     
   53.8010000000000     
Box info found:    88.8890000000000        89.1150000000000     
   53.8050000000000     
Box info found:    88.8770000000000        89.1030000000000     
   53.7980000000000     
Box info found:    88.8740000000000        89.1000000000000     
   53.7960000000000     
Box info found:    88.8800000000000        89.1060000000000     
   53.8000000000000     
Box info found:    88.9050000000000        89.1310000000000     
   53.8150000000000     
Box info found:    88.9050000000000        89.1310000000000     
   53.8150000000000     
Box info found:    88.8840000000000        89.1110000000000     
   53.8020000000000     
Box info found:    88.8740000000000        89.1000000000000     
   53.7960000000000     
Box info found:    88.8820000000000        89.1080000000000     
   53.8010000000000     
Box info found:    88.8930000000000        89.1190000000000     
   53.8070000000000     
Box info found:    88.8680000000000        89.0940000000000     
   53.7920000000000     
Box info found:    88.8640000000000        89.0900000000000     
   53.7900000000000     
Box info found:    88.8680000000000        89.0940000000000     
   53.7920000000000     
Box info found:    88.8550000000000        89.0810000000000     
   53.7850000000000     
Box info found:    88.8620000000000        89.0880000000000     
   53.7880000000000     
Box info found:    88.8600000000000        89.0860000000000     
   53.7880000000000     
Box info found:    88.8450000000000        89.0710000000000     
   53.7780000000000     
Box info found:    88.8240000000000        89.0500000000000     
   53.7660000000000     
Box info found:    88.8450000000000        89.0720000000000     
   53.7790000000000     
Box info found:    88.8780000000000        89.1050000000000     
   53.7990000000000     
Box info found:    88.8650000000000        89.0920000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8330000000000        89.0590000000000     
   53.7710000000000     
Box info found:    88.8530000000000        89.0790000000000     
   53.7830000000000     
Box info found:    88.8400000000000        89.0660000000000     
   53.7750000000000     
Box info found:    88.8530000000000        89.0790000000000     
   53.7830000000000     
Box info found:    88.8610000000000        89.0870000000000     
   53.7880000000000     
Box info found:    88.8540000000000        89.0800000000000     
   53.7840000000000     
Box info found:    88.8300000000000        89.0560000000000     
   53.7690000000000     
Box info found:    88.8300000000000        89.0560000000000     
   53.7690000000000     
Box info found:    88.8230000000000        89.0500000000000     
   53.7650000000000     
Box info found:    88.8520000000000        89.0780000000000     
   53.7820000000000     
Box info found:    88.8620000000000        89.0880000000000     
   53.7890000000000     
Box info found:    88.8610000000000        89.0870000000000     
   53.7880000000000     
Box info found:    88.8530000000000        89.0790000000000     
   53.7830000000000     
Box info found:    88.8520000000000        89.0780000000000     
   53.7830000000000     
Box info found:    88.8320000000000        89.0580000000000     
   53.7700000000000     
Box info found:    88.8500000000000        89.0760000000000     
   53.7820000000000     
Box info found:    88.8770000000000        89.1040000000000     
   53.7980000000000     
Box info found:    88.8510000000000        89.0770000000000     
   53.7820000000000     
Box info found:    88.8350000000000        89.0610000000000     
   53.7720000000000     
Box info found:    88.8090000000000        89.0350000000000     
   53.7570000000000     
Box info found:    88.8010000000000        89.0270000000000     
   53.7520000000000     
Box info found:    88.8350000000000        89.0610000000000     
   53.7720000000000     
Box info found:    88.8190000000000        89.0450000000000     
   53.7630000000000     
Box info found:    88.8290000000000        89.0550000000000     
   53.7690000000000     
Box info found:    88.8750000000000        89.1020000000000     
   53.7970000000000     
Box info found:    88.8680000000000        89.0940000000000     
   53.7920000000000     
Box info found:    88.8450000000000        89.0710000000000     
   53.7790000000000     
Box info found:    88.8290000000000        89.0550000000000     
   53.7690000000000     
Box info found:    88.8420000000000        89.0680000000000     
   53.7770000000000     
Box info found:    88.8530000000000        89.0790000000000     
   53.7830000000000     
Box info found:    88.8380000000000        89.0640000000000     
   53.7740000000000     
Box info found:    88.8440000000000        89.0700000000000     
   53.7780000000000     
Box info found:    88.8530000000000        89.0790000000000     
   53.7830000000000     
Box info found:    88.8540000000000        89.0800000000000     
   53.7840000000000     
Box info found:    88.8460000000000        89.0730000000000     
   53.7790000000000     
Box info found:    88.8120000000000        89.0380000000000     
   53.7580000000000     
Box info found:    88.8010000000000        89.0270000000000     
   53.7520000000000     
Box info found:    88.8040000000000        89.0300000000000     
   53.7540000000000     
Box info found:    88.8010000000000        89.0270000000000     
   53.7520000000000     
Box info found:    88.7930000000000        89.0190000000000     
   53.7470000000000     
Box info found:    88.8000000000000        89.0260000000000     
   53.7510000000000     
Box info found:    88.8190000000000        89.0450000000000     
   53.7630000000000     
Box info found:    88.8330000000000        89.0590000000000     
   53.7710000000000     
Box info found:    88.8710000000000        89.0970000000000     
   53.7940000000000     
Box info found:    88.8720000000000        89.0980000000000     
   53.7950000000000     
Box info found:    88.8510000000000        89.0770000000000     
   53.7820000000000     
Box info found:    88.8490000000000        89.0750000000000     
   53.7810000000000     
Box info found:    88.8610000000000        89.0870000000000     
   53.7880000000000     
Box info found:    88.8430000000000        89.0690000000000     
   53.7770000000000     
Box info found:    88.8780000000000        89.1040000000000     
   53.7980000000000     
Box info found:    88.8890000000000        89.1150000000000     
   53.8050000000000     
Box info found:    88.8690000000000        89.0950000000000     
   53.7930000000000     
Box info found:    88.8690000000000        89.0950000000000     
   53.7930000000000     
Box info found:    88.8830000000000        89.1100000000000     
   53.8020000000000     
Box info found:    88.8650000000000        89.0920000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8510000000000        89.0770000000000     
   53.7820000000000     
Box info found:    88.8660000000000        89.0920000000000     
   53.7910000000000     
Box info found:    88.8570000000000        89.0830000000000     
   53.7850000000000     
Box info found:    88.8360000000000        89.0620000000000     
   53.7730000000000     
Box info found:    88.8240000000000        89.0500000000000     
   53.7660000000000     
Box info found:    88.8630000000000        89.0900000000000     
   53.7900000000000     
Box info found:    88.8730000000000        89.0990000000000     
   53.7950000000000     
Box info found:    88.8790000000000        89.1050000000000     
   53.7990000000000     
Box info found:    88.8520000000000        89.0780000000000     
   53.7830000000000     
Box info found:    88.8700000000000        89.0960000000000     
   53.7940000000000     
Box info found:    88.8630000000000        89.0890000000000     
   53.7890000000000     
Box info found:    88.8620000000000        89.0880000000000     
   53.7890000000000     
Box info found:    88.8480000000000        89.0740000000000     
   53.7800000000000     
Box info found:    88.8430000000000        89.0690000000000     
   53.7770000000000     
Box info found:    88.8020000000000        89.0280000000000     
   53.7520000000000     
Box info found:    88.7900000000000        89.0160000000000     
   53.7450000000000     
Box info found:    88.7780000000000        89.0040000000000     
   53.7380000000000     
Box info found:    88.7910000000000        89.0170000000000     
   53.7460000000000     
Box info found:    88.8030000000000        89.0290000000000     
   53.7530000000000     
Box info found:    88.8050000000000        89.0310000000000     
   53.7540000000000     
Box info found:    88.8160000000000        89.0420000000000     
   53.7610000000000     
Box info found:    88.8210000000000        89.0470000000000     
   53.7640000000000     
Box info found:    88.8140000000000        89.0400000000000     
   53.7600000000000     
Box info found:    88.8150000000000        89.0410000000000     
   53.7600000000000     
Box info found:    88.8340000000000        89.0600000000000     
   53.7720000000000     
Box info found:    88.7980000000000        89.0240000000000     
   53.7500000000000     
Box info found:    88.7860000000000        89.0120000000000     
   53.7430000000000     
Box info found:    88.8200000000000        89.0460000000000     
   53.7630000000000     
Box info found:    88.8370000000000        89.0630000000000     
   53.7740000000000     
Box info found:    88.8260000000000        89.0520000000000     
   53.7670000000000     
Box info found:    88.8370000000000        89.0630000000000     
   53.7740000000000     
Box info found:    88.8170000000000        89.0430000000000     
   53.7620000000000     
Box info found:    88.8400000000000        89.0660000000000     
   53.7750000000000     
Box info found:    88.8420000000000        89.0680000000000     
   53.7760000000000     
Box info found:    88.8310000000000        89.0570000000000     
   53.7700000000000     
Box info found:    88.8320000000000        89.0580000000000     
   53.7710000000000     
Box info found:    88.8320000000000        89.0580000000000     
   53.7710000000000     
Box info found:    88.8340000000000        89.0600000000000     
   53.7720000000000     
Box info found:    88.8790000000000        89.1060000000000     
   53.7990000000000     
Box info found:    88.9320000000000        89.1590000000000     
   53.8310000000000     
Box info found:    88.9350000000000        89.1620000000000     
   53.8330000000000     
Box info found:    88.9350000000000        89.1620000000000     
   53.8330000000000     
Box info found:    88.9310000000000        89.1580000000000     
   53.8310000000000     
Box info found:    88.9420000000000        89.1680000000000     
   53.8370000000000     
Box info found:    88.9200000000000        89.1460000000000     
   53.8240000000000     
Box info found:    88.8800000000000        89.1060000000000     
   53.8000000000000     
Box info found:    88.8810000000000        89.1070000000000     
   53.8000000000000     
Box info found:    88.8420000000000        89.0680000000000     
   53.7770000000000     
Box info found:    88.8300000000000        89.0560000000000     
   53.7700000000000     
Box info found:    88.8000000000000        89.0260000000000     
   53.7510000000000     
Box info found:    88.7960000000000        89.0220000000000     
   53.7490000000000     
Box info found:    88.8110000000000        89.0370000000000     
   53.7580000000000     
Box info found:    88.8340000000000        89.0600000000000     
   53.7720000000000     
Box info found:    88.8500000000000        89.0760000000000     
   53.7820000000000     
Box info found:    88.8770000000000        89.1030000000000     
   53.7980000000000     
Box info found:    88.8640000000000        89.0900000000000     
   53.7900000000000     
Box info found:    88.8320000000000        89.0580000000000     
   53.7710000000000     
Box info found:    88.8440000000000        89.0700000000000     
   53.7780000000000     
Box info found:    88.8470000000000        89.0730000000000     
   53.7800000000000     
Box info found:    88.8590000000000        89.0850000000000     
   53.7870000000000     
Box info found:    88.8580000000000        89.0840000000000     
   53.7860000000000     
Box info found:    88.8260000000000        89.0520000000000     
   53.7670000000000     




snapshot.in文件

################################################################################
@GENERAL
PREFIX                block0
PATH                  /home_soft/home/Lixy/gezhenpeng/cytc/ocyt_amber10_openmpi/production/x64_small_8core/4th/mmpbsa
#
COMPLEX               1
RECEPTOR              1
LIGAND                1
#
COMPT                 cmp.prmtop
RECPT                 wat.prmtop
LIGPT                 solute.prmtop
#
GC                    1
AS                    0
DC                    0
#
MM                    0
GB                    0
PB                    0
MS                    0
#
NM                    0
#
@MAKECRD
BOX                   YES
NTOTAL                37276
NSTART                1
NSTOP                 303
NFREQ                 1
#
NUMBER_LIG_GROUPS     1
LSTART                1
LSTOP                 3537
NUMBER_REC_GROUPS     1
RSTART                3538
RSTOP                 37236
#   
@TRAJECTORY
#
#TRAJECTORY            ../cmps_eq29.mdcrd.gz
TRAJECTORY             cmps_eq8.0_8.6ns.mdcrd
#TRAJECTORY            ../cmps_eq21.mdcrd.gz
#TRAJECTORY            ../cmps_eq22.mdcrd.gz
#TRAJECTORY            ../cmps_eq23.mdcrd.gz
#TRAJECTORY            ../cmps_eq24.mdcrd.gz
#TRAJECTORY            ../cmps_eq25.mdcrd.gz
#TRAJECTORY            ../cmps_eq26.mdcrd.gz
#TRAJECTORY            ../cmps_eq27.mdcrd.gz
#TRAJECTORY            ../cmps_eq28.mdcrd.gz
#TRAJECTORY            ../cmps_eq29.mdcrd.gz
#TRAJECTORY            ../cmps_eq30.mdcrd.gz
#
################################################################################
@PROGRAMS
#
# Additional program executables can be defined here
#
#
################################################################################
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Shirley_Shui

新虫 (初入文坛)

请问这个问题解决了么?我也遇到了同样的问题。。。求助怎么解决啊。。。谢谢!
2楼2016-02-22 23:12:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gezhenpeng 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料科学与工程调剂 +10 深V宿舍吧 2026-03-30 11/550 2026-03-31 04:12 by fmesaito
[考博] 材料专业申博 +3 杜雨婷dyt 2026-03-29 3/150 2026-03-31 02:04 by nxgogo
[考研] 哈尔滨工业大学材料与化工专硕378求调剂 +3 塔比乌斯 2026-03-30 3/150 2026-03-30 22:55 by 无际的草原
[考研] 304材料求调剂 +5 钟llll 2026-03-26 5/250 2026-03-30 19:37 by 源_2020
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +10 1428151015 2026-03-27 10/500 2026-03-30 19:00 by 源_2020
[考研] 292求调剂 +13 是妍子也是研子 2026-03-30 13/650 2026-03-30 18:01 by 小徐0109
[考研] 071010 323 分求调剂 +3 Baekzhy 2026-03-27 3/150 2026-03-30 14:24 by andresqi
[考研] 318一志愿吉林大学生物与医药 求调剂 +5 笃行致远. 2026-03-28 5/250 2026-03-30 06:56 by ilovexiaobin
[考研] 2026年华南师范大学欢迎化学,化工,生物,生医工等专业优秀学子加入! +3 llss0711 2026-03-28 6/300 2026-03-29 10:26 by llss0711
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 12:04 by 王保杰33
[考研] 一志愿南京航空航天大学材料学硕求调剂 +3 @taotao 2026-03-28 3/150 2026-03-28 10:26 by JourneyLucky
[考研] 张芳铭-中国农业大学-环境工程专硕-298 +4 手机用户 2026-03-26 4/200 2026-03-28 07:17 by mmm just
[考研] 330一志愿中国海洋大学 化学工程 085602 有读博意愿 求调剂 +3 wywy.. 2026-03-27 4/200 2026-03-28 03:32 by fmesaito
[考研] 070300化学求调剂 +4 起个名咋这么难 2026-03-27 4/200 2026-03-27 21:39 by 83503孙老师
[考研] 安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分,英语已过四六级,六级521,求调剂 +4 美味可乐鸡翅 2026-03-26 4/200 2026-03-27 15:27 by 星空星月
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 07化学303求调剂 +5 睿08 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:46 by 418490947
[考研] 材料专硕 335 分求调剂 +4 拒绝冷暴力 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:45 by haxia
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 340求调剂 +5 话梅糖111 2026-03-24 5/250 2026-03-25 06:53 by ilovexiaobin
信息提示
请填处理意见