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Gramacs 水球
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| 请问Gramacs能不能做出一个水球呢？我知道可以做出立方体的边界条件，不知道能不能做水球的，要怎么做呢？ |
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sikasun
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3楼2013-04-19 10:38:19
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【答案】应助回帖
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单纯的周期性边界条件下是不可能有球形的simulation box的，但是你可以用正十二面体dodecahedron的盒子来近似，这个gromacs里应该可以设置的。 另外，我个人感觉，在一些疏水表面，由于表面的疏水性和水的内聚力，水分子会在表面上自然形成球状液滴，模拟这样的体系其实和你simulation box是什么形状没有太大关系，即使你把这样的体系放在正方体的盒子里，水分子还是会形成液滴。 |
2楼2013-04-18 01:43:43
