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追风舞尘

铁虫 (初入文坛)

[求助] 序列对比

各位,大家好啊
我通过分子标记得出了一种植物雌雄的差异条带,已经测序了,现在有这种植物的转录组测序结果,是fa格式的,我想比对下,这些差异序列,在转录组中有没有相似的,请问用什么方法,什么软件?我之前用DNAman比对,可是根本不行,软件带不起来,转录组的测序结果有三千多万bp。
谢谢各位!
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hpzinc65

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
追风舞尘: 金币+4, ★★★★★最佳答案, 正解! 2013-04-16 13:35:37
Bio-Edit 把转录组的序列导入,然后本地blast
8楼2013-04-16 11:16:55
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普通回帖

追风舞尘

铁虫 (初入文坛)

有没有人做这一块啊?
2楼2013-04-16 08:08:17
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aoda123

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
DNAstar很好用啊
身体健康,工作顺利
3楼2013-04-16 08:12:35
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香。期待你的慷慨解囊。快乐每一天 2013-04-16 11:10:57
那就跑本地端的blast吧,还是不行就换linux端跑
4楼2013-04-16 09:01:16
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追风舞尘

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by aoda123 at 2013-04-16 08:12:35
DNAstar很好用啊

我的转录组信息文件是fa格式的,DNAstar好像识别不了,文件有30M,三千多万的序列,DNAman运行就无法反应,clustal可以识别,但是要把这三千多万序列全部都分别对比,时间太长···
5楼2013-04-16 10:19:02
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追风舞尘

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-04-16 09:01:16
那就跑本地端的blast吧,还是不行就换linux端跑

本地端blast我还没试过,不过我在NCBI上面做了在线的查询,一直不出结果,或者网页无法显示
6楼2013-04-16 10:22:24
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
追风舞尘(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香。期待你的慷慨解囊。快乐每一天 2013-04-16 11:07:15
内容已删除
7楼2013-04-16 10:41:18
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追风舞尘

铁虫 (初入文坛)

内容已删除
9楼2013-04-16 13:33:34
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追风舞尘

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by hpzinc65 at 2013-04-16 11:16:55
Bio-Edit 把转录组的序列导入,然后本地blast

大神啊!这么简单就出来了!我搜了整整一天,下了N多软件,上了无限个在线blast,都因为文件太大,无法完成!bio-edit救了我一命!!!
10楼2013-04-16 13:35:20
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