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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 序列对比
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追风舞尘

铁虫 (初入文坛)

[求助] 序列对比

各位，大家好啊
我通过分子标记得出了一种植物雌雄的差异条带，已经测序了，现在有这种植物的转录组测序结果，是fa格式的，我想比对下，这些差异序列，在转录组中有没有相似的，请问用什么方法，什么软件？我之前用DNAman比对，可是根本不行，软件带不起来，转录组的测序结果有三千多万bp。
谢谢各位！
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1楼 2013-04-15 20:56:24
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hpzinc65

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
追风舞尘: 金币+4, ★★★★★最佳答案, 正解！ 2013-04-16 13:35:37
Bio-Edit 把转录组的序列导入，然后本地blast
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8楼2013-04-16 11:16:55
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普通回帖

追风舞尘

铁虫 (初入文坛)
有没有人做这一块啊？
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2楼2013-04-16 08:08:17
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aoda123

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
DNAstar很好用啊
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身体健康，工作顺利
3楼2013-04-16 08:12:35
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香。期待你的慷慨解囊。快乐每一天 2013-04-16 11:10:57
那就跑本地端的blast吧，还是不行就换linux端跑
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4楼2013-04-16 09:01:16
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追风舞尘

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aoda123 at 2013-04-16 08:12:35
DNAstar很好用啊

我的转录组信息文件是fa格式的，DNAstar好像识别不了，文件有30M，三千多万的序列，DNAman运行就无法反应，clustal可以识别，但是要把这三千多万序列全部都分别对比，时间太长···
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5楼2013-04-16 10:19:02
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追风舞尘

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-04-16 09:01:16
那就跑本地端的blast吧，还是不行就换linux端跑

本地端blast我还没试过，不过我在NCBI上面做了在线的查询，一直不出结果，或者网页无法显示
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6楼2013-04-16 10:22:24
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
追风舞尘(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香。期待你的慷慨解囊。快乐每一天 2013-04-16 11:07:15
内容已删除
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7楼2013-04-16 10:41:18
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追风舞尘

铁虫 (初入文坛)
内容已删除
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9楼2013-04-16 13:33:34
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追风舞尘

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hpzinc65 at 2013-04-16 11:16:55
Bio-Edit 把转录组的序列导入，然后本地blast

大神啊！这么简单就出来了！我搜了整整一天，下了Ｎ多软件，上了无限个在线ｂｌａｓｔ，都因为文件太大，无法完成！ｂｉｏ－ｅｄｉｔ救了我一命！！！
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10楼2013-04-16 13:35:20
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