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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Amber里面默认的氨基酸质子化状态
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mojie1987

铜虫 (小有名气)

[求助] Amber里面默认的氨基酸质子化状态

额。。请问amber里面默认的赖氨酸，精氨酸的质子化状态是不是都是质子化了的？因为他们的Pka都很大，所以一般情况下都应该是质子化的，带正电的，此外，比如组氨酸，amber里面有3种质子化状态，可以更改名称，可是对于其他的氨基酸，从哪里可以看到他们质子化和去质子化的名称呢？
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1楼 2013-04-14 15:53:30
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mojie1987: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢啦！~ 2013-04-16 15:02:51
tleap下source了力场之后用list命令就可以查看所有残基的名字，
不是标准三个字母的，都是不同的状态，一个个的检查吧。
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2楼2013-04-14 20:17:48
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