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mojie1987

铜虫 (小有名气)

[求助] Amber里面默认的氨基酸质子化状态

额。。请问amber里面默认的赖氨酸,精氨酸的质子化状态是不是都是质子化了的?因为他们的Pka都很大,所以一般情况下都应该是质子化的,带正电的,此外,比如组氨酸,amber里面有3种质子化状态,可以更改名称,可是对于其他的氨基酸,从哪里可以看到他们质子化和去质子化的名称呢?
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mojie1987: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢啦!~ 2013-04-16 15:02:51
tleap下source了力场之后用list命令就可以查看所有残基的名字,
不是标准三个字母的,都是不同的状态,一个个的检查吧。
2楼2013-04-14 20:17:48
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