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舞昂琦VoVo木虫 (小有名气)
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求助ab initio MD中SMASS设置及并行问题
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最近在做一个ab initio MD,在选择nvt系综进行模拟的过程中,出现几个小问题,求助各位: 1. 在进行参数设置时,有个跟温控相关的参数是Nose mass,我查了手册,说是最好设置得跟体系典型声子频率相当。那我在设置的时候,是必须查文献or手册确定体系的声子频率(我也确定是否有相应的资料),还是可以根据某些经验规则预估一个,又或者可以随意设置一个,对结果影响不大呢? 我先随便设置了一个SMASS=1,结果显示: SMASS = 1.00 Nose mass-parameter (am) estimated Nose-frequenzy (Omega) = 0.67E+14 period in steps = 23.35 mass= 0.878E-27a.u. 不知道这样的结果合适么? 2. 在并行MD跑到一定步数之后,程序就会出一个Warning:Sub-Space-Matrix is not Hermitian in DAV,每步都出,相当讨厌,不知道这个警告对结果影响大么?而且这跟哪些参数有关,如何设置才能避免这个Warning呢? 求助各位高手,多谢多谢!! |
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舞昂琦VoVo
木虫 (小有名气)
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3楼2013-04-09 19:07:40
gavinliu7390
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