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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » NBO计算中二级微绕能的取值的问题
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萱月琪琪

金虫 (正式写手)

[求助] NBO计算中二级微绕能的取值的问题

输入文件是%chk=GDC65-11nboc.chk
%mem=600MW
%nproc=6

#p b3lyp/6-31+g(d,p) pop=nboread

linux计算结束转到win下后，问题一：在Chemcraft的Tools菜单下选择Orbitals/Render molecular orbitals。在“Choose orbitals source”中会出现几种轨道类型。我们关心的是NBO，故选第一个。为什么我的出现的是Could not read orbitals from the file.
备注：我有FILE.31--FILE.41文件的。也是正常结束的。   

问题二：可以在Chemcraft下Source下找到Second Order Perturbation Theory Analysis of Fock Matrix in NBO Basis 二阶微扰能的数据，我想知道的是Donor NBO 和 Acceptor NBO 到底取的是哪个呢？
对于C6+ 与GD来说  ，主要是C6+上的C2-H6与GD上的O35-H38之间存在相互作用。
理解1：取的是E(2)数值最大的
理解2：取的是相互的键的能量值，这个供电子提可以是BD,也可以是LP的吧？

输出数据为：
Second Order Perturbation Theory Analysis of Fock Matrix in NBO Basis
                                                                                    E(2)  
         Donor NBO (i)          Acceptor NBO (j)               kcal/mol   
  within unit  1
1. BD ( 1) C 1 - C 2        BD*( 1) N 4 - C8                      4.24        1.05    0.060
1. BD ( 1) C 1 - C 2        BD*( 1) N 12 - C13                 4.36        1.05    0.061
2. BD ( 2) C1 - C 2         LP (  1) N 12                           219.73    0.02    0.0888
8. BD ( 2) C 3 - N 4        LP ( 1) N  12                          21.77       0.10    0.073
124. LP ( 1) N  12          BD*( 2) C 1 - C 2                    29.19    0.28    0.087
124. LP ( 1) N  12         BD*( 2) C 3 - N 4                     83.29    0.21    0.120

from unit  1 to unit  2
5. BD (  1) C 2 - H 6       BD*( 1) O35 - H38                 49.29    1.13    0.211

from unit  2 to unit  1
44. BD ( 1) O 35 - H 38     BD*( 1) C 2 - H 6                3.12    1.22    0.055
44. BD ( 1) O 35 - H 38      BD*( 1) C 2 - N 12             5.23    1.17    0.070
127. LP (  1) O 35           BD*(  1) C  2 - H  6               0.90    1.01    0.027

within unit  2
823. BD*(  2) C 26 - C 29      BD*( 2) C 32 - C 34        177.25    0.02    0.078
  825. BD*( 2) C 28 - C 30     RY*( 3) C  28                  2.72    0.55    0.076
  825. BD*( 2) C  28 - C  30       RY*(  1) O 35              0.55    0.63    0.037
825. BD*( 2) C  28 - C  30        BD*(  2) C 26 - C 29        269.66    0.01    0.079
825. BD*( 2) C  28 - C  30         BD*(  2) C 32 - C 34        117.41    0.03    0.083

对于C6+ 与GD来说  ，主要是C6+上的C2-H6与GD上的O35-H38之间存在相互作用。所以取的数值应该如下：这样取对不对呀？
Donor NBO (i)                     Acceptor NBO (j)              E(2)  kcal/mol
5. BD ( 1) C2 - H 6             BD*(   1) O  35 - H  38           49.29   
44. BD ( 1) O35 - H38         BD*(   1) C   2 - H   6            3.12     
127. LP ( 1) O  35                BD*(   1) C   2 - H   6            0.90     

问题三： within unit  1  ，from unit  1 to unit  2，  from unit  2 to unit  1， within unit  2假如是分析整个分子之间的相互作用，到底从哪个里面去最大的呢，还是说取所有的里面最大的呢？

我看过NBO输出文件各部分的含义详解.pdf和GUASSIAN中的NBO计算结果分析.DOC了，可是对于上面的问题还是搞不清楚。希望得到帮助
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世上无难事只怕有心人。。。。信心。。。毅力。。。努力。。。成功
1楼 2013-04-03 23:29:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ggdh

专家顾问 (正式写手)
觉得你应该针对你需要分析的问题来说吧。
对着结构分析。
不要光比较数据。
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2楼2013-04-04 14:42:12
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普通回帖

萱月琪琪

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ggdh at 2013-04-04 14:42:12
觉得你应该针对你需要分析的问题来说吧。
对着结构分析。
不要光比较数据。

你这意思我还真不懂
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世上无难事只怕有心人。。。。信心。。。毅力。。。努力。。。成功
3楼2013-04-04 21:43:15
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zhouwohua

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
萱月琪琪: 金币+30, ★★★很有帮助, 非常感谢，但是我还是没搞清楚到底是怎么回事，期待您的再次回答。 2013-04-21 10:32:20
This is carried out by examining all possible interactions between "filled"  (donor) Lewis-type NBOs
and  "empty"  (acceptor) non-Lewis NBOs,  and  estimating their energetic importance by  2nd-order
perturbation  theory. Since these interactions lead  to  loss of  occupancy from the  localized NBOs of
the  idealized Lewis  structure into  the  empty non-Lewis  orbitals  (and  thus,  to  departures from the
idealized Lewis  structure description),  they  are  referred to  as  "delocalization" corrections to  the
zeroth-order natural Lewis structure. For each donor NBO (i)  and acceptor NBO 0,  the stabilization
energy E(2) associated with delocalization ("2e-stabilization7')  i  +  j  is estimated as

E(2)=△Eij=qi*F(i,j)^2/(Ej-Ei)

where q,  is the donor orbital occupancy, E,, E,  are diagonal elements (orbital energies) and F(i,j) is
the off-diagonal NBO Fock matrix element. [In  the example above, the nN  + a&  interaction  between
the nitrogen lone pair  (NBO 8) and  the antiperiplanar C1-H3 antibond (NBO 24)  is seen to give the
strongest  stabilization, 8.13 kcallmol.]  As  the heading  indicates, entries are  included  in  this  table
only when the  interaction energy exceeds a default threshold of  0.5 kcallmol.
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学无止境；天天学习；努力向上。
4楼2013-04-19 21:30:52
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萱月琪琪

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhouwohua at 2013-04-19 21:30:52
This is carried out by examining all possible interactions between "filled"  (donor) Lewis-type NBOs
and  "empty"  (acceptor) non-Lewis NBOs,  and  estimating their energetic im ...

你好，感谢您的回答。你说的是不是这个意思呀：第五部分是通过二级微扰能的计算。确定成键轨道(BD)电子与反键轨道(BD*)电子间所有可能的相互作用。其稳定化能E(2)代表着电子从成键（或占据）轨道向反键（或空轨道）转移的程度，即电子的离域化程度。

我还是弄不明白到底是怎么选取的，看了下资料也没看明白呀！麻烦在帮我解答下吧，非常非常感谢。
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世上无难事只怕有心人。。。。信心。。。毅力。。。努力。。。成功
5楼2013-04-21 10:31:35
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zhouwohua

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 萱月琪琪 at 2013-04-21 10:31:35
你好，感谢您的回答。你说的是不是这个意思呀：第五部分是通过二级微扰能的计算。确定成键轨道(BD)电子与反键轨道(BD*)电子间所有可能的相互作用。其稳定化能E(2)代表着电子从成键（或占据）轨道向反键（或空轨道） ...

理解没啥问题。
E2就是这个意思，表示离域能力大小的。取值的话当然是跟手册上的例子一样取最大的那个。
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6楼2013-04-21 20:29:58
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萱月琪琪

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhouwohua at 2013-04-21 20:29:58
理解没啥问题。
E2就是这个意思，表示离域能力大小的。取值的话当然是跟手册上的例子一样取最大的那个。...

NBO输出文件各部分的含义详解pdf里面只有within unit  1
，而我是两个分子之间相互作用，不但有within unit  1
，还有 from unit  1 to unit  2，from unit  2 to unit  1，within unit 2
，如果我选所有组合中最最大的数值，也不符合于     C6+ 与GD来说  ，主要是C6+上的C2-H6与GD上的O35-H38之间存在相互作用呀。
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世上无难事只怕有心人。。。。信心。。。毅力。。。努力。。。成功
7楼2013-04-22 09:58:15
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zhouwohua

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
萱月琪琪: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 我现在彻底明白了 谢谢了 2013-04-23 17:51:08
引用回帖:
7楼: Originally posted by 萱月琪琪 at 2013-04-22 09:58:15
NBO输出文件各部分的含义详解pdf里面只有within unit  1
，而我是两个分子之间相互作用，不但有within unit  1
，还有 from unit  1 to unit  2，from unit  2 to unit  1，within unit 2
，如果我选所有组合中 ...

有两个unit就是两个分子作用吗？这个我不是很清楚，因为我算过一个大分子，也有unit2，而这个大分子是对称的，也就是说如果那个分子片段可以用来做unit2的话，对称的另一块应该也可以，但是结果文件中没有给出来。这个unit具体是什么意义以及是怎么产生的，我也很想知道呢，希望有大神回答。

理解2：取的是相互的键的能量值，这个供电子提可以是BD,也可以是LP的吧？这个应该是看你的研究对象，想要研究的是什么就找什么信息吧。我们实验室还找过LP*》BD*的。
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学无止境；天天学习；努力向上。
8楼2013-04-22 20:51:55
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萱月琪琪

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhouwohua at 2013-04-22 20:51:55
有两个unit就是两个分子作用吗？这个我不是很清楚，因为我算过一个大分子，也有unit2，而这个大分子是对称的，也就是说如果那个分子片段可以用来做unit2的话，对称的另一块应该也可以，但是结果文件中没有给出来。 ...

再次表示感谢
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世上无难事只怕有心人。。。。信心。。。毅力。。。努力。。。成功
9楼2013-04-23 09:14:59
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浅曳伊言

金虫 (小有名气)
面临同样的问题，请问楼主解决了吗？
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10楼2013-12-16 12:04:09
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