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llp19870610

铜虫 (正式写手)

[求助] MEGA建树步骤,可以使用基因片段吗?

MEGA建树步骤,可以使用基因片段吗?
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weiruoxun

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by llp19870610 at 2013-04-04 17:26:46
能不能给我发送一个软件,O(∩_∩)O谢谢...

ok,给你phyml和Mrbayes吧!不过可能你做的是串联重复基因,可能不是那么好做啊?

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  • 2013-04-05 01:37:48, 494.34 K
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  • 2013-04-05 01:38:44, 702.31 K
13楼2013-04-05 01:39:42
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
要看你的实验目的。你得到的进化树只反应你所选用的序列。如果你的基因片段是保守区,那就没什么大意思,比如是一个长基因中的唯一高变区,那这样得到的结果和用整个长基因差别不大。
2楼2013-04-03 08:17:04
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
基因片段可以使用,不过要确定几个问题。
1.是线粒体还是细胞核基因。
2.是否受到选择。
3.序列长度和信息量。
4.你要做什么?
  祝好!
将相本无种★男儿当自强
3楼2013-04-03 14:37:50
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weiruoxun

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 应助指数-1, 首贴奖励,不过你的回答更倾向于交流,而不是回答问题 2013-04-04 07:55:38
MEGA建树一般只能用于NJ法,如果真要建树的话推荐使用PAUP、PhyML和MrBayes建树。
当然,如果你只是随便算算,不想得到很好的系统发育的结果的话用MEGA也可以。
4楼2013-04-04 00:53:28
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