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关于SMD溶剂化模型的输入文件格式
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各位师兄师姐好，我是一个大三药学生，在实验室做一些计算机辅助药物设计方向的东西。最近在做一个关于取代苯甲酸的一个计算，但是各种算的离谱。 最近读到一篇文章（2012年的）提到采用了新的溶剂化模型，是SMD，在G09中有（我之前用的G03），所以对这个模型不是很熟悉，想问问有没有对这个模型有了解的，这个SMD的输入文件该怎么写呢... 以下是之前我跟着老师给的example写的输入，其实其中有很多不是太了解（好吧其实就是不怎么了解），我在想是不是吧scrf中的PCM改成SMD就可以了呢？我看到底下有一些PCMDOC，还有一些自定义半径的...不知道有没有什么需要更改的。谢谢指教！当然如果可以的话希望能告诉我有什么方法什么地方可以学到这些具体的东西也好，谢谢！！ #P MP2/6-31+G* scrf=(pcm,read,solvent=Water) geom=check guess=read scf=(maxcycl=500,nosymm,tight) int(grid=ultrafine) nosymm PCM-H -1 1 PCMDOC OFAC=0.8 RMIN=0.5 SCFVAC |
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孟娜娜
金虫 (著名写手)
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2楼2013-12-16 10:32:04