24小时热门版块排行榜    

查看: 695  |  回复: 2

mojie1987

铜虫 (小有名气)

[求助] Tinker里面的prm如何添加参数

请问小分子的bond,angle等参数如何在tinker里面添加,参数里面
angle       27    1   37     80.00     111.20
80.0是指?
imptors     44   47   47    6                     2.200 180.0 2
2.20是指?
torsion     44   47   47   44                    10.750 180.0 2
10.750是指?
以及对于小分子而言,它们是如何添加的?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuxiaolin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-03 08:35:34
mojie1987: 金币+2 2013-04-09 21:03:59
在Amber中,关于angle和torsion,imptors的力场如下:
angle:
k*(a-a0)^2
k 是力常数, 80.00 就是力常数; 111.20是角的平衡值。
torsion/imptors:
k(1+cos(n*theta-phi)) k 是力常数/能垒, 2.2 和 10.75 都是;180 是 phi,相位, n=2 反应周期性。
2楼2013-04-03 04:45:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuxiaolin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-03 08:35:42
mojie1987: 金币+2 2013-04-09 21:04:10
Tinker中使用的Amber,Charmm,和MM3力场,他们的形式很相似(大多数项)
你可根据你的需要自行添加或修改。
3楼2013-04-03 04:46:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mojie1987 的主题更新
信息提示
请填处理意见