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mojie1987

铜虫 (小有名气)

[求助] Tinker里面的prm如何添加参数

请问小分子的bond,angle等参数如何在tinker里面添加，参数里面
angle       27    1   37     80.00     111.20
80.0是指？
imptors     44   47   47    6                     2.200 180.0 2
2.20是指？
torsion     44   47   47   44                    10.750 180.0 2
10.750是指？
以及对于小分子而言，它们是如何添加的？
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1楼 2013-04-02 10:48:53
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yuxiaolin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-03 08:35:34
mojie1987: 金币+2 2013-04-09 21:03:59
在Amber中，关于angle和torsion，imptors的力场如下：
angle：
k*(a-a0)^2
k 是力常数， 80.00 就是力常数； 111.20是角的平衡值。
torsion/imptors:
k(1+cos(n*theta-phi)) k 是力常数/能垒， 2.2 和 10.75 都是；180 是 phi，相位， n=2 反应周期性。
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2楼2013-04-03 04:45:00
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yuxiaolin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-03 08:35:42
mojie1987: 金币+2 2013-04-09 21:04:10
Tinker中使用的Amber,Charmm,和MM3力场，他们的形式很相似（大多数项）
你可根据你的需要自行添加或修改。
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3楼2013-04-03 04:46:59
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