24小时热门版块排行榜

返回列表

mojie1987

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 150.7
帖子: 83
在线: 65.9小时
虫号: 569085
注册: 2008-06-04
专业: 理论和计算化学

[求助] Tinker里面的prm如何添加参数

请问小分子的bond,angle等参数如何在tinker里面添加，参数里面
angle    27 1 37    80.00    111.20
80.0是指？
imptors    44 47 47 6                   2.200 180.0 2
2.20是指？
torsion    44 47 47 44                   10.750 180.0 2
10.750是指？
以及对于小分子而言，它们是如何添加的？

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

懂GSAS精修的进来一下，有关ins or prm文件的参数设计已经有8人回复
用tinker的amoeba09力场模拟~~总是提示参数未定义~~~怎么办啊~热切求助已经有7人回复

1楼 2013-04-02 10:48:53

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

yuxiaolin

金虫 (小有名气)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 698.6
帖子: 61
在线: 14.6小时
虫号: 237560
注册: 2006-04-04
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-03 08:35:34
mojie1987: 金币+2 2013-04-09 21:03:59

在Amber中，关于angle和torsion，imptors的力场如下：
angle：
k*(a-a0)^2
k 是力常数， 80.00 就是力常数； 111.20是角的平衡值。
torsion/imptors:
k(1+cos(n*theta-phi)) k 是力常数/能垒， 2.2 和 10.75 都是；180 是 phi，相位， n=2 反应周期性。

赞一下

回复此楼

2楼2013-04-03 04:45:00

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

yuxiaolin

金虫 (小有名气)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 698.6
帖子: 61
在线: 14.6小时
虫号: 237560
注册: 2006-04-04
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-03 08:35:42
mojie1987: 金币+2 2013-04-09 21:04:10

Tinker中使用的Amber,Charmm,和MM3力场，他们的形式很相似（大多数项）
你可根据你的需要自行添加或修改。

赞一下

回复此楼

3楼2013-04-03 04:46:59

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 mojie1987 的主题更新

返回列表