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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 如何得到指定原子上的电荷密度差
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nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] 如何得到指定原子上的电荷密度差

如题，得到这个体系的电子密度cube以后，如何指定原子得到某些原子上的电子密度差分图？
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功不唐捐
1楼 2013-03-29 15:37:19
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nnipp

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhou2009 at 2013-03-31 10:02:25
活性物种A与骨架B有氢键作用时，如果要分析B对A的影响，可以做AB与A、B的密度差。这又分两种情况：
1、求AB的wfn文件AB. Wfn，象上面sobereva博士讲的那样，在multiwfn中将AB分成两个分子片，得到A. wfn和B. wfn， ...

很受益，谢谢zhou老师的耐心解答
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功不唐捐
8楼2013-03-31 13:12:23
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1、已经有了体系的电子密度cube，只能在multiwfn中做cube相减，需要与体系中的各原子的电子密度cube相减，作电子密度差分图。这时是全部原子的，某些原子上的的只能在全图中截取部分。
2、现在其实不应这样费事去做，用体系的wfn（或者fch文件）在multiwfn可以直接得到电子密度差。
3、不是某些原子上的，而是某些原子周围空间的电子密度差分图。它不同于“原子净电荷”。
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2楼2013-03-29 17:11:06
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nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2013-03-29 17:11:06
1、已经有了体系的电子密度cube，只能在multiwfn中做cube相减，需要与体系中的各原子的电子密度cube相减，作电子密度差分图。这时是全部原子的，某些原子上的的只能在全图中截取部分。
2、现在其实不应这样费事去做 ...

谢谢zhou老师。再请教您，我算分子筛体系，模型中包含大量骨架原子，但是我关心的只是活性中心部分电荷变化情况。我用gaussian的cubman工具的su选项得到变化前后的电荷密度差.cube。但是，外层原子周围空间的电子密度把活性中心全部掩盖了，使我无法观察到活性中心的变化情况。multiwfn中可以直接删去外层空间的电子密度差而只要活性中心部分的吗？
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功不唐捐
3楼2013-03-29 17:50:44
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

活性中心部分和骨架原子是化学结合在一起的吗？

[ Last edited by zhou2009 on 2013-3-29 at 19:43 ]
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4楼2013-03-29 18:19:28
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