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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] gromacs用双核i3 .500g的电脑能跑4W的蛋白质分子吗？会是什么效果

gromacs用双核i3 .500g的电脑能跑4W的蛋白质分子吗？会是什么效果
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1楼 2013-03-28 10:28:36
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 赞 2013-03-29 09:53:50
没什么效果 就是比较慢而已 gromcas优化程度很高 内存占用很小 单机并行也自动的
所以跑起来没什么问题 问题只是一天能算多少步的问题了
体系的大小一般只是影响内存占用 算起来总归是分块一点点算下来的 当然越大就越慢了 速度可能可原子数的NlogN成正比
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2楼2013-03-29 09:39:25
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-03-29 09:39:25
没什么效果 就是比较慢而已 gromcas优化程度很高 内存占用很小 单机并行也自动的
所以跑起来没什么问题 问题只是一天能算多少步的问题了
体系的大小一般只是影响内存占用 算起来总归是分块一点点算下来的 当然越 ...

非常感谢
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3楼2013-03-29 11:31:20
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-03-29 09:39:25
没什么效果 就是比较慢而已 gromcas优化程度很高 内存占用很小 单机并行也自动的
所以跑起来没什么问题 问题只是一天能算多少步的问题了
体系的大小一般只是影响内存占用 算起来总归是分块一点点算下来的 当然越 ...

gromacs用双核i3 .500g的电脑能跑4W的蛋白质分子吗？会是什么效果。我想问的是大概需要多长时间？
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4楼2013-04-18 20:02:11
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by wanglang1987 at 2013-04-18 20:02:11
gromacs用双核i3 .500g的电脑能跑4W的蛋白质分子吗？会是什么效果。我想问的是大概需要多长时间？...

那要看你想跑多久了
如果是按照发文章的标准跑几十ns的话肯定很久很久
几个月也不一定能跑完
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5楼2013-04-19 09:44:31
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