| 查看: 1226 | 回复: 1 | ||
[求助]
用gromacs只创建一个water box 已有1人参与
|
|
我现在想模拟一个阴离子和一个阳离子在水盒子中的情形： 1. genbox -box 2 2 2 -o box.gro 2. genbox -cp box.gro -cs spc216.gro -o box_water.gro -p topol.top 3. grompp -f em_sd.mdp -c box_water.gro -o ion.tpr -p topol.top 4. genion -s ion.tpr -o box_water_F.gro -p topol.top -pname K -np 1 -nname F -nn 1 第3步出错， Opening library file /home/qm/gmx407/share/gromacs/top/tip3p.itp ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 4.0.7 Source code file: topio.c, line: 415 Fatal error: Syntax error - File tip3p.itp, line 1 Last line read: '[ moleculetype ]' Invalid order for directive moleculetype ------------------------------------------------------- "Bailed Out Of Edge Synchronization After 10,000 Iterations" (X/Motif) 请问哪里出错了，应该如何改正？谢谢！ [ Last edited by mengsk on 2013-3-25 at 11:31 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
29号明天会评吗
已经有4人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有10人回复
-
梦想
已经有4人回复
-
中青基了要发朋友圈吗？
已经有6人回复
-
基金不中，共勉
已经有12人回复
-
能否申诉？
已经有7人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
面上意见出来了
已经有19人回复
-
为什么到现在没收到通知？
已经有5人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs自己添加residue遇到的问题
已经有6人回复
- gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错
已经有6人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
2楼2014-11-03 14:33:14
30