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用gromacs只创建一个water box 已有1人参与
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我现在想模拟一个阴离子和一个阳离子在水盒子中的情形： 1. genbox -box 2 2 2 -o box.gro 2. genbox -cp box.gro -cs spc216.gro -o box_water.gro -p topol.top 3. grompp -f em_sd.mdp -c box_water.gro -o ion.tpr -p topol.top 4. genion -s ion.tpr -o box_water_F.gro -p topol.top -pname K -np 1 -nname F -nn 1 第3步出错， Opening library file /home/qm/gmx407/share/gromacs/top/tip3p.itp ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 4.0.7 Source code file: topio.c, line: 415 Fatal error: Syntax error - File tip3p.itp, line 1 Last line read: '[ moleculetype ]' Invalid order for directive moleculetype ------------------------------------------------------- "Bailed Out Of Edge Synchronization After 10,000 Iterations" (X/Motif) 请问哪里出错了，应该如何改正？谢谢！ [ Last edited by mengsk on 2013-3-25 at 11:31 ] |
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2楼2014-11-03 14:33:14