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mengsk

金虫 (著名写手)

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[求助] 用gromacs只创建一个water box 已有1人参与

我现在想模拟一个阴离子和一个阳离子在水盒子中的情形：
   1. genbox -box 2 2 2 -o box.gro
   2. genbox -cp box.gro -cs spc216.gro -o box_water.gro -p topol.top
   3. grompp -f em_sd.mdp -c box_water.gro -o ion.tpr -p topol.top
   4. genion -s ion.tpr -o box_water_F.gro -p topol.top -pname K -np 1 -nname F -nn 1

   第3步出错，
Opening library file /home/qm/gmx407/share/gromacs/top/tip3p.itp

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.0.7
Source code file: topio.c, line: 415

Fatal error:
Syntax error - File tip3p.itp, line 1
Last line read:
'[ moleculetype ]'
Invalid order for directive moleculetype
-------------------------------------------------------

"Bailed Out Of Edge Synchronization After 10,000 Iterations" (X/Motif)

请问哪里出错了，应该如何改正？谢谢！

[ Last edited by mengsk on 2013-3-25 at 11:31 ]

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