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2682353036

新虫 (正式写手)

[求助] 表面活性剂体系

新手初学MS,构建表面活性剂体系,测定表面张力。先是构建了表面活性剂油水的单个分子,接下来用AC分别搭建constraction之后使用build layers构建了一个界面,如下图1(分子个数只是随意设定的)。这里有几个问题:
1,由于看的资料不多,也无人交流,很怀疑构建的方法到底对不对;
2,中间的表面活性剂需要亲水基和疏水剂定向排列,如何实现;
3,每层之间的距离为什么那么远啊 ,会不会影响分子间作用力啊;
4,姑且构建的有点眉目吧,那接下来对于界面张力的模拟又该何去何从啊?

我学习的时间很短,所以现在真是一头雾水,请有做表面活性剂,或者懂得的高手赐教。我的虫号也是刚刚申请的,金币不多,现在已经全部用上了,希望好人帮忙!!!!

图1.jpg
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2682353036

新虫 (正式写手)

发现一个问题   好像左右组分都要设置成单分子层  那如何实现啊  求高手赐教!!!
2楼2013-03-23 09:54:24
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-16 22:43:40
ben_ladeng: 专家考核 2013-06-03 20:01:24
引用回帖:
2楼: Originally posted by 2682353036 at 2013-03-23 09:54:24
发现一个问题   好像左右组分都要设置成单分子层  那如何实现啊  求高手赐教!!!

同问,我一直对用MS设置表面活性剂层很糊涂,gromacs倒是简单多了。。。
好好学习,天天向上。
3楼2013-04-16 20:10:10
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

没用过MS,你可以试试用VMD 建好了的PDB文件导入到MS,不置可否
4楼2013-04-16 22:44:20
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-16 22:44:20
没用过MS,你可以试试用VMD 建好了的PDB文件导入到MS,不置可否

VMD是怎么制作表面活性剂层的?
好好学习,天天向上。
5楼2013-04-16 23:03:32
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深蓝一

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

表示你问的问题好高深。  看来是研究生

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2013-04-22 20:56:49
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2682353036

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 深蓝一 at 2013-04-22 20:56:49
表示你问的问题好高深。  看来是研究生

嗯啊  可你是博士生啊  这是什么意思啊
7楼2013-04-22 21:33:00
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