应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请好心人指教用何种手段测两条链中碱基有可能出现的互补配对的情况
61/1返回列表
查看: 1308  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看

happiyoung

新虫 (正式写手)

[求助] 请好心人指教用何种手段测两条链中碱基有可能出现的互补配对的情况

本人菜鸟，现有两条寡核苷酸链AGGCAGTTGAGACGAACATTCCTAAGTCTGAAATTTATCACCCGCCATAGTAGACGTATCACC以及CTTGCTACACGATTCAGACTTAGGAATGTTCGACATGCGAGGGTCCAATACC
GACGATTACAG。请问哪位好心的大侠能指教我一下，用何种方法何种手段测这两条链中的碱基有可能出现的碱基互补配对的情况？请尽量详尽地描述一下。感激不尽。
回复此楼

» 猜你喜欢
美丽心灵永恒阳光
1楼 2013-03-18 08:48:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
happiyoung: 金币+15, ★★★很有帮助, 非常好 2013-03-18 10:12:48
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 应助指数+1 2013-03-18 12:13:34
这种情况你可以用NCBI提供的BLAST在线比对工具，地址：BLAST，采用Align two or more sequences和blastn。
首先输入你的两条序列，进行比对。

对比后的结果。


里面更多应用，你可以自己去了解下，相信对你会有更多帮助。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-03-18 09:56:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happiyoung

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by myibm369 at 2013-03-18 09:56:06
这种情况你可以用NCBI提供的BLAST在线比对工具，地址：BLAST，采用Align two or more sequences和blastn。
首先输入你的两条序列，进行比对。

对比后的结果。


里面更多应用，你可以自己去了解下，相信对你 ...

还有一个疑问。blastn给出的alignments 是两条链中碱基可能出现的所有配对结果吗？还是给出的结果只是最稳定的配对情况?
赞一下 回复此楼
美丽心灵永恒阳光
3楼2013-03-18 10:28:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happiyoung

新虫 (正式写手)
结果如何分析呢？
赞一下 回复此楼
美丽心灵永恒阳光
4楼2013-03-18 10:53:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~
★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 应助指数+1 2013-03-18 12:13:53
wizardfan: BioEPI-1, 应助指数-1, 没有回答楼主的另外一个问题“如何测这两条链中的碱基有可能出现的碱基互补配对的情况” 2013-03-19 07:59:49
引用回帖:
3楼: Originally posted by happiyoung at 2013-03-18 10:28:05
还有一个疑问。blastn给出的alignments 是两条链中碱基可能出现的所有配对结果吗？还是给出的结果只是最稳定的配对情况?...

会给你所有的匹配结果，比如我修改下序列，在2里面加上1的两段反相互补序列，结果就会显示这样：


另外你说的结果如何分析是什么意思？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-03-18 11:05:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
happiyoung: 金币+5, ★有帮助, 谢谢 2013-03-19 08:28:48
用BIOEDIT获得你所需序列的互补序列，然后用2楼的方法或者FASTA工具，来做pairwise alignment，找互补碱基对
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-03-19 08:01:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 happiyoung 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-29 19:27 by cqwQDCxMcL3I
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:54 by yCO1Ll7aHtsw
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:37 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:30 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:03 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:46 by etmYJ6d2rquH
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 4/200 2026-09-29 15:15 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:04 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:58 by etmYJ6d2rquH
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:13 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-29 13:50 by etmYJ6d2rquH
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！ +8 zju2000 2026-09-26 9/450 2026-09-29 13:47 by ahsoarli
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-29 09:49 by JzYBbHIXWSrW
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭