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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请好心人指教用何种手段测两条链中碱基有可能出现的互补配对的情况
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happiyoung

新虫 (正式写手)

[求助] 请好心人指教用何种手段测两条链中碱基有可能出现的互补配对的情况

本人菜鸟，现有两条寡核苷酸链AGGCAGTTGAGACGAACATTCCTAAGTCTGAAATTTATCACCCGCCATAGTAGACGTATCACC以及CTTGCTACACGATTCAGACTTAGGAATGTTCGACATGCGAGGGTCCAATACC
GACGATTACAG。请问哪位好心的大侠能指教我一下，用何种方法何种手段测这两条链中的碱基有可能出现的碱基互补配对的情况？请尽量详尽地描述一下。感激不尽。
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美丽心灵永恒阳光
1楼 2013-03-18 08:48:56
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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
happiyoung: 金币+15, ★★★很有帮助, 非常好 2013-03-18 10:12:48
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 应助指数+1 2013-03-18 12:13:34
这种情况你可以用NCBI提供的BLAST在线比对工具，地址：BLAST，采用Align two or more sequences和blastn。
首先输入你的两条序列，进行比对。

对比后的结果。


里面更多应用，你可以自己去了解下，相信对你会有更多帮助。
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2楼2013-03-18 09:56:06
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普通回帖

happiyoung

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by myibm369 at 2013-03-18 09:56:06
这种情况你可以用NCBI提供的BLAST在线比对工具，地址：BLAST，采用Align two or more sequences和blastn。
首先输入你的两条序列，进行比对。

对比后的结果。


里面更多应用，你可以自己去了解下，相信对你 ...

还有一个疑问。blastn给出的alignments 是两条链中碱基可能出现的所有配对结果吗？还是给出的结果只是最稳定的配对情况?
赞一下 回复此楼
美丽心灵永恒阳光
3楼2013-03-18 10:28:05
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happiyoung

新虫 (正式写手)
结果如何分析呢？
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美丽心灵永恒阳光
4楼2013-03-18 10:53:35
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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~
★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 应助指数+1 2013-03-18 12:13:53
wizardfan: BioEPI-1, 应助指数-1, 没有回答楼主的另外一个问题“如何测这两条链中的碱基有可能出现的碱基互补配对的情况” 2013-03-19 07:59:49
引用回帖:
3楼: Originally posted by happiyoung at 2013-03-18 10:28:05
还有一个疑问。blastn给出的alignments 是两条链中碱基可能出现的所有配对结果吗？还是给出的结果只是最稳定的配对情况?...

会给你所有的匹配结果，比如我修改下序列，在2里面加上1的两段反相互补序列，结果就会显示这样：


另外你说的结果如何分析是什么意思？
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5楼2013-03-18 11:05:51
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
happiyoung: 金币+5, ★有帮助, 谢谢 2013-03-19 08:28:48
用BIOEDIT获得你所需序列的互补序列，然后用2楼的方法或者FASTA工具，来做pairwise alignment，找互补碱基对
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6楼2013-03-19 08:01:02
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