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peng5053

银虫 (正式写手)

Dr.

[求助] 蛋白质组学 bruker 公司的定量软件proteinscapeCV值

站内的各位高人朋友们，不知道谁用过bruker 公司的定量软件proteinscape？我在分析蛋白质组学的定量数据时，一直都遇到一个很头疼的问题：CV值比较高。不知道各位前辈有没有好的建议和经验。

[ Last edited by wizardfan on 2013-3-17 at 17:53 ]
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多点思维，多点idea
1楼 2013-03-17 13:00:24
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-03-17 20:10:09
你的问题问得有点奇怪，软件结果是根据你的数据来的，你人为的想降低没有任何意义。如果你对于软件的算法有想法，推荐你使用一些开源软件。你知道你做的是什么技术吗？MS1 or MS2? Labelled or Label-free?
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2楼2013-03-17 17:55:32
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peng5053

银虫 (正式写手)

Dr.
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-03-17 17:55:32
你的问题问得有点奇怪，软件结果是根据你的数据来的，你人为的想降低没有任何意义。如果你对于软件的算法有想法，推荐你使用一些开源软件。你知道你做的是什么技术吗？MS1 or MS2? Labelled or Label-free?

非常感谢您的宝贵意见。我用的SILAC技术。如果采用其他的软件可能需要将bruker的数据转换格式，我担心在这个过程中导致数据的丢失。其次：cv值的高低是有肽段的比值计算而来，在计算CV值之前需要对肽段的比值进行一个筛选工作。但是我感觉bruker 的proteinscape的软件在这方面的设计好像不是很完美。
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多点思维，多点idea
3楼2013-03-18 08:53:09
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 应助指数+1, 2013-03-18 12:16:07
SILAC是MS1 labelled了，好像maxquant是用的比较多的一个软件。
关于格式转换，PSI推出了很多标准格式，比如spectral的是mzML。bruker软件CompassXport（http://www.ionsource.com/functio ... rt/CompassXport.htm）可以生成mzXML,这个格式应该也有很多软件支持。
proteowizard是用的最多的格式转换软件，支持的格式有http://proteowizard.sourceforge.net/formats.shtml。
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4楼2013-03-18 09:07:19
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peng5053

银虫 (正式写手)

Dr.
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-03-17 17:55:32
你的问题问得有点奇怪，软件结果是根据你的数据来的，你人为的想降低没有任何意义。如果你对于软件的算法有想法，推荐你使用一些开源软件。你知道你做的是什么技术吗？MS1 or MS2? Labelled or Label-free?

您好。我用的是SILAC技术。看了您的帖子，您是搞生物信息学方面的。对于定量蛋白质组学方面的数据处理，您有没有比较好一点的软件推荐。谢谢！
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多点思维，多点idea
5楼2013-03-20 23:00:19
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by peng5053 at 2013-03-20 23:00:19
您好。我用的是SILAC技术。看了您的帖子，您是搞生物信息学方面的。对于定量蛋白质组学方面的数据处理，您有没有比较好一点的软件推荐。谢谢！...

软件已经在4楼推荐过了啊
这里有篇文章可以参考下http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22804616
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6楼2013-03-21 08:13:13
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yat1116

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-03-18 09:07:19
SILAC是MS1 labelled了，好像maxquant是用的比较多的一个软件。
关于格式转换，PSI推出了很多标准格式，比如spectral的是mzML。bruker软件CompassXport（http://www.ionsource.com/functional_reviews/CompassXpor ...

请问，Maxquant软件在哪下载？
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7楼2015-04-13 17:37:53
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peng5053

银虫 (正式写手)

Dr.
引用回帖:
7楼: Originally posted by yat1116 at 2015-04-13 17:37:53
请问，Maxquant软件在哪下载？...

maxquant很多地方都有下载啊。http://maxquant.org/faq.htm。这个就可以的。
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多点思维，多点idea
8楼2015-04-13 23:07:47
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fly9086

新虫 (初入文坛)
请问，那个proteinscape软件哪里下载？有教程吗？我刚做了质谱不会解
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9楼2016-11-04 19:11:20
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