24小时热门版块排行榜    

查看: 2361  |  回复: 8
本帖产生 1 个 BioEPI ,点击这里进行查看

peng5053

银虫 (正式写手)

Dr.

[求助] 蛋白质组学 bruker 公司的定量软件proteinscapeCV值

站内的各位高人朋友们,不知道谁用过bruker 公司的定量软件proteinscape?我在分析蛋白质组学的定量数据时,一直都遇到一个很头疼的问题:CV值比较高。不知道各位前辈有没有好的建议和经验。

[ Last edited by wizardfan on 2013-3-17 at 17:53 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

多点思维,多点idea
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 应助指数+1, 2013-03-18 12:16:07
SILAC是MS1 labelled了,好像maxquant是用的比较多的一个软件。
关于格式转换,PSI推出了很多标准格式,比如spectral的是mzML。bruker软件CompassXport(http://www.ionsource.com/functio ... rt/CompassXport.htm)可以生成mzXML,这个格式应该也有很多软件支持。
proteowizard是用的最多的格式转换软件,支持的格式有http://proteowizard.sourceforge.net/formats.shtml
4楼2013-03-18 09:07:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-03-17 20:10:09
你的问题问得有点奇怪,软件结果是根据你的数据来的,你人为的想降低没有任何意义。如果你对于软件的算法有想法,推荐你使用一些开源软件。你知道你做的是什么技术吗?MS1 or MS2? Labelled or Label-free?
2楼2013-03-17 17:55:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peng5053

银虫 (正式写手)

Dr.

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-03-17 17:55:32
你的问题问得有点奇怪,软件结果是根据你的数据来的,你人为的想降低没有任何意义。如果你对于软件的算法有想法,推荐你使用一些开源软件。你知道你做的是什么技术吗?MS1 or MS2? Labelled or Label-free?

非常感谢您的宝贵意见。我用的SILAC技术。如果采用其他的软件可能需要将bruker的数据转换格式,我担心在这个过程中导致数据的丢失。其次:cv值的高低是有肽段的比值计算而来,在计算CV值之前需要对肽段的比值进行一个筛选工作。但是我感觉bruker 的proteinscape的软件在这方面的设计好像不是很完美。
多点思维,多点idea
3楼2013-03-18 08:53:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peng5053

银虫 (正式写手)

Dr.

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-03-17 17:55:32
你的问题问得有点奇怪,软件结果是根据你的数据来的,你人为的想降低没有任何意义。如果你对于软件的算法有想法,推荐你使用一些开源软件。你知道你做的是什么技术吗?MS1 or MS2? Labelled or Label-free?

您好。我用的是SILAC技术。看了您的帖子,您是搞生物信息学方面的。对于定量蛋白质组学方面的数据处理,您有没有比较好一点的软件推荐。谢谢!
多点思维,多点idea
5楼2013-03-20 23:00:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by peng5053 at 2013-03-20 23:00:19
您好。我用的是SILAC技术。看了您的帖子,您是搞生物信息学方面的。对于定量蛋白质组学方面的数据处理,您有没有比较好一点的软件推荐。谢谢!...

软件已经在4楼推荐过了啊
这里有篇文章可以参考下http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22804616
6楼2013-03-21 08:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yat1116

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-03-18 09:07:19
SILAC是MS1 labelled了,好像maxquant是用的比较多的一个软件。
关于格式转换,PSI推出了很多标准格式,比如spectral的是mzML。bruker软件CompassXport(http://www.ionsource.com/functional_reviews/CompassXpor ...

请问,Maxquant软件在哪下载?
7楼2015-04-13 17:37:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peng5053

银虫 (正式写手)

Dr.

引用回帖:
7楼: Originally posted by yat1116 at 2015-04-13 17:37:53
请问,Maxquant软件在哪下载?...

maxquant很多地方都有下载啊。http://maxquant.org/faq.htm。这个就可以的。
多点思维,多点idea
8楼2015-04-13 23:07:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fly9086

新虫 (初入文坛)

请问,那个proteinscape软件哪里下载?有教程吗?我刚做了质谱不会解
9楼2016-11-04 19:11:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 peng5053 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 304求调剂 +8 小熊joy 2026-03-14 8/400 2026-03-17 17:29 by ruiyingmiao
[考研] 085600材料与化工 +4 安全上岸! 2026-03-16 4/200 2026-03-17 14:02 by 勇敢太监王公公
[考研] 211本,11408一志愿中科院277分,曾在中科院自动化所实习 +6 Losir 2026-03-12 7/350 2026-03-17 12:09 by danranxie
[考研] 一志愿南京大学,080500材料科学与工程,调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 289求调剂 +6 步川酷紫123 2026-03-11 6/300 2026-03-17 10:23 by Sammy2
[考研] 一志愿,福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +5 d如愿上岸 2026-03-12 8/400 2026-03-16 15:19 by peike
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 0703,333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +9 ADT 2026-03-11 9/450 2026-03-13 21:55 by JourneyLucky
[考研] 315求调剂 +9 小羊小羊_ 2026-03-11 10/500 2026-03-13 21:13 by SXNU李老师
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 【考研调剂求收留】 +3 Ceciilia 2026-03-11 3/150 2026-03-13 20:18 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生,2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
信息提示
请填处理意见