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agnona

木虫 (初入文坛)

[求助] gromacs添加residue后二面角出错

大家好。
我将prodrg给出的top file，利用itp2rtp的那个软件包进行了格式转换，之后拷贝进了力场文件，并在atomtype中添加了residue的原子类型，之后运行pdb2gmx很顺利的运行了。但是在grompp的时候，出现了这样的错误：

Fatal error ：Incorrect number of parameters - found 2, expected 3 or 6 for Improper Dih..！

我也查了一些帖子和官网的错误信息，都说是improper 二面角的格式问题，但是实在是没有弄明白具体是哪儿出了问题，求高人指点。

具体的文件如下，我是直接转换格式之后，没有做修改就拷贝进rtp文件中的。


  [ impropers ]
  CAD  OAX  CAB  CAG       0.000   167.4
  CAB  CAD  CAA  HAB       0.000   167.4
  CAG  CAE  OAY  CAD       0.000   167.4
  CAE  CAG  CAC  HAE       0.000   167.4
  CAC  CAE  CAA  HAC       0.000   167.4
  CAA  CAF  CAC  CAB       0.000   167.4
  CAM  CAQ  OAW  CAH       0.000   167.4
  CAT  CAQ  OAV  CAU       0.000   167.4
  CAN  CAO  CAK  CAL       0.000   167.4
  CAL  CAN  CAJ  HAL       0.000   167.4
  CAK  CAN  CAI  HAK       0.000   167.4
  CAI  CAK  CAS  HAI       0.000   167.4
  CAS  CAI  OAZ  CAJ       0.000   167.4
  CAJ  CAL  OBA  CAS       0.000   167.4
  CAN  CAL  CAJ  CAS       0.000   209.3
  CAL  CAJ  CAS  CAI       0.000   209.3
  CAJ  CAS  CAI  CAK       0.000   209.3
  CAS  CAI  CAK  CAN       0.000   209.3
  CAI  CAK  CAN  CAL       0.000   209.3
  CAK  CAN  CAL  CAJ       0.000   209.3
  CAD  CAB  CAA  CAC       0.000   209.3
  CAB  CAA  CAC  CAE       0.000   209.3
  CAA  CAC  CAE  CAG       0.000   209.3
  CAC  CAE  CAG  CAD       0.000   209.3
  CAE  CAG  CAD  CAB       0.000   209.3
  CAG  CAD  CAB  CAA       0.000   209.3
  [ dihedrals ]
  CAG  CAD  OAX  CAP     180.000    16.7         2
  CAD  CAG  OAY  HAY     180.000     7.1         2
  CAH  CAF  CAA  CAB     180.000     5.9         2
  CAM  CAH  CAF  CAA     180.000     5.9         2
  CAQ  CAM  CAH  CAF     180.000     5.9         2
  CAT  CAQ  CAM  CAH       0.000     1.0         6
  CAM  CAQ  CAT  CAU       0.000     1.0         6
  CAO  CAU  CAT  CAQ     180.000     5.9         2
  CAN  CAO  CAU  CAT     180.000     5.9         2
  CAK  CAN  CAO  CAU     180.000     5.9         2
  CAI  CAS  OAZ  HAZ     180.000     7.1         2
  CAL  CAJ  OBA  CAR     180.000    16.7         2
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1楼 2013-03-15 11:57:04
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