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gromacs添加residue后二面角出错
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大家好。 我将prodrg给出的top file，利用itp2rtp的那个软件包进行了格式转换，之后拷贝进了力场文件，并在atomtype中添加了residue的原子类型，之后运行pdb2gmx很顺利的运行了。但是在grompp的时候，出现了这样的错误： Fatal error ：Incorrect number of parameters - found 2, expected 3 or 6 for Improper Dih..！ 我也查了一些帖子和官网的错误信息，都说是improper 二面角的格式问题，但是实在是没有弄明白具体是哪儿出了问题，求高人指点。 具体的文件如下，我是直接转换格式之后，没有做修改就拷贝进rtp文件中的。 [ impropers ] CAD OAX CAB CAG 0.000 167.4 CAB CAD CAA HAB 0.000 167.4 CAG CAE OAY CAD 0.000 167.4 CAE CAG CAC HAE 0.000 167.4 CAC CAE CAA HAC 0.000 167.4 CAA CAF CAC CAB 0.000 167.4 CAM CAQ OAW CAH 0.000 167.4 CAT CAQ OAV CAU 0.000 167.4 CAN CAO CAK CAL 0.000 167.4 CAL CAN CAJ HAL 0.000 167.4 CAK CAN CAI HAK 0.000 167.4 CAI CAK CAS HAI 0.000 167.4 CAS CAI OAZ CAJ 0.000 167.4 CAJ CAL OBA CAS 0.000 167.4 CAN CAL CAJ CAS 0.000 209.3 CAL CAJ CAS CAI 0.000 209.3 CAJ CAS CAI CAK 0.000 209.3 CAS CAI CAK CAN 0.000 209.3 CAI CAK CAN CAL 0.000 209.3 CAK CAN CAL CAJ 0.000 209.3 CAD CAB CAA CAC 0.000 209.3 CAB CAA CAC CAE 0.000 209.3 CAA CAC CAE CAG 0.000 209.3 CAC CAE CAG CAD 0.000 209.3 CAE CAG CAD CAB 0.000 209.3 CAG CAD CAB CAA 0.000 209.3 [ dihedrals ] CAG CAD OAX CAP 180.000 16.7 2 CAD CAG OAY HAY 180.000 7.1 2 CAH CAF CAA CAB 180.000 5.9 2 CAM CAH CAF CAA 180.000 5.9 2 CAQ CAM CAH CAF 180.000 5.9 2 CAT CAQ CAM CAH 0.000 1.0 6 CAM CAQ CAT CAU 0.000 1.0 6 CAO CAU CAT CAQ 180.000 5.9 2 CAN CAO CAU CAT 180.000 5.9 2 CAK CAN CAO CAU 180.000 5.9 2 CAI CAS OAZ HAZ 180.000 7.1 2 CAL CAJ OBA CAR 180.000 16.7 2 |
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