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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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chinahuihui

金虫 (小有名气)

[交流] 讨论两个platoncheck出的A级错误的解决方法

有一晶体结构,金属为Ba,数据很好,但解析完毕后,platoncheck出两个A级错误,如下所示:

031_ALERT_4_A Refined Extinction Parameter within Range ...... 0.00 Sigma
080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................ 1.52

我之前已经在 ins 文件中加入 EXTI 口令,并且后来又将修的圈数增加到 200,但这两个错误始终出现。

现在好像发现,较重的原子容易出现这类错误,请教各位高手大侠:对付这样的错误有什么好的方法?
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douvei

金虫 (正式写手)

个人意见:
Maximum Shift/Error很大,可能是您的原子定错了,或者是无序造成的,
一般来说Maximum Shift/Error大了,EXTI容易出现问题
可以有以下几个方法:
(1)检查您精修是使那个原子的Maximum Shift/Error较大,检查该原子的原子类型对不对,是不是无序
(2)检查lst文件中如下位置的数据
Most Disagreeable Reflections (* if suppressed or used for Rfree)

     h   k   l        Fo^2         Fc^2   Delta(F^2)/esd  Fc/Fc(max)  Resolution(A)

    -1   2   3        153.48         35.22       5.55       0.038       2.23
     1   1   7        100.07         15.63       5.30       0.025       1.49
     2   6   2        350.86        132.93       4.81       0.073       1.79
     9   1  10        208.24         67.84       4.77       0.052       0.95
     1   4   8        210.81         68.72       4.72       0.053       1.17
     1   7   0        208.85         42.29       4.70       0.041       1.50
中前几个是不是数值很大,可以在ins中加入, omit 和h k l 来实现
(3) 仅为了处理Maximum Shift/Error,可使用damp 1500(该数值可以更大或更小)
欢迎访问无机超分子论坛: http://15151.5d6d.com/ 晶体解析/软件下载/超分子配位化学-应有尽有!!! 晶体论坛小木虫博客 http://blog.emuch.net/134386/
2楼2007-09-01 10:56:42
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chinahuihui

金虫 (小有名气)

seasedoctor(金币+0,VIP+0):意思是说本来应该系统消光的,也就是不应该观察到衍射点的,但是却观察到了衍射点。
非常感谢 douvei 的指点, 通过 omit 前几个点的 hkl, 问题确实解决了. 但同时在 lst 文件中发现一处不明白的地方:

h   k   l       Fo^2      Sigma      Why rejected

  -1   0  15       86.62     19.92     observed but should be systematically absent
  -1   0   1       55.13      8.11      observed but should be systematically absent
   1   0   1       42.03      3.61      observed but should be systematically absent

请问该处问题出在什么地方? 是否需要 omit (仅 omit 这三个点的 hkl 不能解决上述问题)?
3楼2007-09-01 19:44:07
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douvei

金虫 (正式写手)

这个在下就不是很清楚了
可以试一下
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4楼2007-09-02 11:29:42
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douvei

金虫 (正式写手)

另外,一种不太光明正大的做法是,在hkl文件中将那几个点删除,重新去做xprep试一下
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5楼2007-09-02 11:31:27
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chinahuihui

金虫 (小有名气)

非常感谢 douvei 的建议。不过,删除 hkl 文件中的点不知是否会出现这样的问题:那就是可能会在 FCF 文件中被看出来吗?
6楼2007-09-03 12:57:48
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