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坏脾气meng

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助:VMD中如何用tcl命令求某两个domain间的夹角?

请教各位大神,用NAMD进行拉伸分子动力学模拟后,想要分析模拟过程中两个序列或者两个domain间的夹角变化,该如何写tcl脚本文件呀?
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

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measure angle 命令

具体操作查阅手册
2楼2013-03-08 21:21:41
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wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-10 09:50:18
首先你需要定义每个domain各自的轴线,namd网站有个script可以做这事
然后测量轴线之间的角度就是小事
3楼2013-03-10 09:33:50
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