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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » MD计算中FIELD文件包含的参数
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ddwy

木虫 (小有名气)

[求助] MD计算中FIELD文件包含的参数

请问，有知道MD模拟氨基酸时，FIELD文件里的atoms、constraints、angles、dihedrals、bonds、vdw相关参数怎么找到？谢谢！！
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我喜欢收集微笑没有原因……
1楼 2013-02-22 11:03:36
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ddwy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yongleli at 2013-02-23 08:03:17
1. 到自带的文件夹里，用grep命令搜索。
比如gromacs用的参数在/the path gromacs installed/share/gromacs/目录下。
2.任何一个力场参数都会以文章的形式发布。查手册，找文章。

请问，你知道MD的计算中dl_field_2.2怎么运行吗？就是输入的pdb文件要怎么写？有什么要特别注意的吗？
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我喜欢收集微笑没有原因……
6楼2013-02-23 15:03:22
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2013-02-25 17:40:20
1. 到自带的文件夹里，用grep命令搜索。
比如gromacs用的参数在/the path gromacs installed/share/gromacs/目录下。
2.任何一个力场参数都会以文章的形式发布。查手册，找文章。
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ddwy
2楼2013-02-23 08:03:17
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

1. 到自带的文件夹里，用grep命令搜索。
比如gromacs用的参数在/the path gromacs installed/share/gromacs/目录下。
2.任何一个力场参数都会以文章的形式发布。查手册，找文章。
赞一下 回复此楼
3楼2013-02-23 08:03:24
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
ddwy: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-02-23 10:02:01
1. 到自带的文件夹里，用grep命令搜索。
比如gromacs用的参数在/the path gromacs installed/share/gromacs/目录下。
2.任何一个力场参数都会以文章的形式发布。查手册，找文章。
赞一下 回复此楼
4楼2013-02-23 08:03:32
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