24小时热门版块排行榜    

查看: 586  |  回复: 7

ddwy

木虫 (小有名气)

[求助] MD计算中FIELD文件包含的参数

请问,有知道MD模拟氨基酸时,FIELD文件里的atoms、constraints、angles、dihedrals、bonds、vdw相关参数怎么找到?谢谢!!
回复此楼
我喜欢收集微笑没有原因……
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2013-02-25 17:40:20
1. 到自带的文件夹里,用grep命令搜索。
比如gromacs用的参数在/the path gromacs installed/share/gromacs/目录下。
2.任何一个力场参数都会以文章的形式发布。查手册,找文章。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-02-23 08:03:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

1. 到自带的文件夹里,用grep命令搜索。
比如gromacs用的参数在/the path gromacs installed/share/gromacs/目录下。
2.任何一个力场参数都会以文章的形式发布。查手册,找文章。
3楼2013-02-23 08:03:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
ddwy: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-02-23 10:02:01
1. 到自带的文件夹里,用grep命令搜索。
比如gromacs用的参数在/the path gromacs installed/share/gromacs/目录下。
2.任何一个力场参数都会以文章的形式发布。查手册,找文章。
4楼2013-02-23 08:03:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ddwy

木虫 (小有名气)

请问,你知道MD的计算中dl_field_2.2怎么运行吗?就是输入的pdb文件要怎么写?有什么要特别注意的吗?
我喜欢收集微笑没有原因……
5楼2013-02-23 15:02:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ddwy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yongleli at 2013-02-23 08:03:17
1. 到自带的文件夹里,用grep命令搜索。
比如gromacs用的参数在/the path gromacs installed/share/gromacs/目录下。
2.任何一个力场参数都会以文章的形式发布。查手册,找文章。

请问,你知道MD的计算中dl_field_2.2怎么运行吗?就是输入的pdb文件要怎么写?有什么要特别注意的吗?
我喜欢收集微笑没有原因……
6楼2013-02-23 15:03:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ddwy at 2013-02-23 15:03:22
请问,你知道MD的计算中dl_field_2.2怎么运行吗?就是输入的pdb文件要怎么写?有什么要特别注意的吗?...

这个dl_field_2.2是什么?程序吗?没见过呀。。。。。。。
7楼2013-02-24 16:06:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ddwy

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yongleli at 2013-02-23 08:03:17
1. 到自带的文件夹里,用grep命令搜索。
比如gromacs用的参数在/the path gromacs installed/share/gromacs/目录下。
2.任何一个力场参数都会以文章的形式发布。查手册,找文章。

谢谢
我喜欢收集微笑没有原因……
8楼2013-04-30 16:50:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ddwy 的主题更新
信息提示
请填处理意见