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shenjinni

金虫 (小有名气)

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[求助] Siesta基组问题

新手最近学习Siesta，自己写了个输入文件，运行之后报错如下：
Reading pseudopotential information in formatted form from O.psf

Valence configuration for pseudopotential generation:
2s( 2.00) rc: 1.14
2p( 4.00) rc: 1.14
3d( 0.00) rc: 1.14
4f( 0.00) rc: 1.14
Ground state valence configuration: 4s02  3d10Need vcte and rinn after E in PAO.Basis
ERROR STOP from Node: 0

Reading pseudopotential information in formatted form from Zn.psf

Valence configuration for pseudopotential generation:
4s( 2.00) rc: 2.43
4p( 0.00) rc: 2.37
3d(10.00) rc: 2.09
4f( 0.00) rc: 2.82
Semicore shell(s) with -1 electrons included in the valence for
O
Need vcte and rinn after E in PAO.Basis
ERROR STOP from Node: 0
--------------------------------------------------------------------------

输入文件如下：
SystemName       st1
SystemLabel       znO

NumberOfAtoms    60
NumberOfSpecies    2

%block ChemicalSpeciesLabel
1 9  O
2 30  Zn
%endblock ChemicalSpeciesLabel

LatticeConstant    1.0000 Ang
%block LatticeVectors
  25.99752  0.000  0.000
  0.000  25.98764  0.000
  0.000  0.000 5.69196
%endblock LatticeVectors

PAO.EnergyShift 200 mev
PAO.BasisSize    SZ

%block PAO.Basis       # Define Basis set
O 2  1.0                # Label, l_shells, type (opt), ionic_charge (opt)
n=2  0 2 E 1    # n (opt if not using semicore levels),l,Nzeta,Softconf(opt
  0.0  0.0             # rc(izeta=1,Nzeta)(Bohr)
n=2  1 1 P 2             # l, Nzeta, PolOrb (opt), NzetaPol (opt)
  0.0  0.0                # rc(izeta=1,Nzeta)(Bohr)
%endblock PAO.Basis

XC.functional GGA
XC.authors PBE

MeshCutoff       40.0 Ry

%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0  0.0
0  1  0  0.0
0  0 18  0.0
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack

MeshCutoff       100.0 Ry

MaxSCFIterations    200
DM.MixingWeight    0.05
DM.NumberPulay    3
DM.Tolerance       1.d-4

SolutionMethod    diagon

WriteBands       true
BandLinesScale    ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1 0.000 0.000 0.000 \Gamma
  40 0.000 0.000 0.500 X
%endblock BandLines

MD.TypeOfRun       cg
MD.NumCGsteps    0
MD.MaxForceTol    0.02 eV/Ang
MD.VariableCell    true

# MD.UseSaveXV    true
# UseSaveData    true

Diag.ParallelOverK true

AtomicCoordinatesFormat Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.61455 0.21815 0.35802 1  # O 1
0.66997 0.24952 0.85805 1  # O 2
0.71780 0.29113 0.35780 1  # O 3
0.75720 0.34127 0.85771 1  # O 4
0.78453 0.39859 0.35752 1  # O 5
0.79987 0.46049 0.85762 1  # O 6
0.80031 0.52406 0.35764 1  # O 7
0.49044 0.19376 0.35745 1  # O 8
0.55374 0.19983 0.85780 1  # O 9
0.36771 0.22441 0.35728 1  # O  10
0.42714 0.20135 0.85741 1  # O  11
0.31448 0.25918 0.85713 1  # O  12
0.26878 0.30358 0.35716 1  # O  13
0.23197 0.35539 0.85738 1  # O  14
0.20661 0.41389 0.35754 1  # O  15
0.19570 0.47657 0.85728 1  # O  16
0.78725 0.58641 0.85751 1  # O  17
0.76264 0.64502 0.35760 1  # O  18
0.72739 0.69805 0.85785 1  # O  19
0.68227 0.74289 0.35818 1  # O  20
0.56712 0.79523 0.35794 1  # O  21
0.62792 0.77629 0.85817 1  # O  22
0.44053 0.79624 0.35744 1  # O  23
0.50386 0.80132 0.85765 1  # O  24
0.19667 0.54015 0.35725 1  # O  25
0.20906 0.60248 0.85744 1  # O  26
0.23416 0.66101 0.35759 1  # O  27
0.27236 0.71199 0.85751 1  # O  28
0.32188 0.75213 0.35740 1  # O  29
0.37921 0.77968 0.85733 1  # O  30
0.61346 0.22093 0.02461 2  # Zn 31
0.66841 0.25155 0.52456 2  # Zn 32
0.71625 0.29291 0.02421 2  # Zn 33
0.75460 0.34276 0.52419 2  # Zn 34
0.78223 0.39957 0.02394 2  # Zn 35
0.79676 0.46078 0.52421 2  # Zn 36
0.79764 0.52388 0.02415 2  # Zn 37
0.49040 0.19648 0.02388 2  # Zn 38
0.55323 0.20214 0.52426 2  # Zn 39
0.36898 0.22674 0.02369 2  # Zn 40
0.42798 0.20467 0.52395 2  # Zn 41
0.31594 0.26112 0.52346 2  # Zn 42
0.27055 0.30495 0.02345 2  # Zn 43
0.23431 0.35678 0.52383 2  # Zn 44
0.20978 0.41477 0.02413 2  # Zn 45
0.19808 0.47677 0.52374 2  # Zn 46
0.78499 0.58565 0.52392 2  # Zn 47
0.76050 0.64392 0.02398 2  # Zn 48
0.72547 0.69637 0.52428 2  # Zn 49
0.68037 0.74057 0.02466 2  # Zn 50
0.56665 0.79272 0.02437 2  # Zn 51
0.62657 0.77319 0.52474 2  # Zn 52
0.44094 0.79390 0.02389 2  # Zn 53
0.50383 0.79918 0.52403 2  # Zn 54
0.19892 0.53989 0.02367 2  # Zn 55
0.21168 0.60171 0.52394 2  # Zn 56
0.23687 0.65944 0.02412 2  # Zn 57
0.27475 0.70975 0.52407 2  # Zn 58
0.32353 0.74947 0.02392 2  # Zn 59
0.37999 0.77753 0.52373 2  # Zn 60
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
各位帮帮忙啊。版内的帖子也看了不少，还是不明白这个半芯态如何设置。设置的时候是基于什么原理，有什么讲究。

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1楼 2013-02-20 10:41:27

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