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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps deposit 粒子初始速度为0？
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] lammps deposit 粒子初始速度为0？

大家新年好！
我最近在用lammps算金属表面喷涂，使用deposit命令，但是我按照说明设定了添加粒子的初速度，但是粒子速度一直为0，不运动。想请教下各位是什么原因？
我的in文件如下：
...
#Al为喷涂粒子type 2，Cu为基底 type 1，EAM势能，单位metal
...
region 4 block 0.0 72.3 0.0 72.3 210.0 225.0 side in units box  #设定添加粒子region，离基底Z方向距离20nm
...
group substrate region 1  #基底group
group al type 2    #喷涂的Al
...
compute 1 cuthermal temp
compute 2 cu temp
compute 3 al temp
compute_modify 3 dynamic yes
fix 1 substrate setforce        0        0        0  #基底fix
fix 2 cuthermal  nvt temp        300.0        300.0        10  #NVT恒温Cu
fix 3 cu  nve      #NVE恒定接触面
#fix 4 al  nve      #NVE恒定喷涂粒子，但是我尝试了有没有这条命令Al都没有运动
fix coat all deposit 10000 2 64 12345 region 4 near 5.0 vz -0.03 -0.03 units box    #deposit命令，是这有问题？

timestep   0.005  #fs
thermo     1000
thermo_style custom step temp ke pe etotal c_1 c_2 c_3
dump 1 all xyz 1000 metal.xyz
run 1000000
附图为计算结果，褐色粒子为Al，一直没有move，后续粒子一直添加到定义的region中。

谢谢大家！

1.jpg
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我是胖人，不是粗人
1楼 2013-02-09 04:31:43
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-02-15 08:42:55
具体的只有靠你自己去摸索， 看dump等输出，仔细琢磨。 你的模型不算复杂，应该容易实现的。

Thanks! I will test it in the following days.
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我是胖人，不是粗人
7楼2013-02-15 23:54:41
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-02-15 08:42:55
具体的只有靠你自己去摸索， 看dump等输出，仔细琢磨。 你的模型不算复杂，应该容易实现的。

请问喷涂粒子的group的该怎么定义？我用type或者region之类的定义，产生初始喷涂粒子group的粒子数为0，最终导致粒子不能运动。
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我是胖人，不是粗人
8楼2013-02-16 06:02:15
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)
总结一下，
fix coat all deposit ......
不能对all进行fix，只能对喷涂粒子group进行fix，这样喷涂粒子就能单独积分运动了。
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我是胖人，不是粗人
9楼2013-02-16 06:17:36
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普通回帖

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
paladinlee: 金币+70, ★★★很有帮助, 10 2013-02-14 01:11:43
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-02-16 10:45:01
dump出原子速度看看？
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2楼2013-02-13 17:47:07
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-02-13 17:47:07
dump出原子速度看看？

dump 喷涂粒子有初速度，但是不运动？怎么回事？
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我是胖人，不是粗人
3楼2013-02-14 01:11:31
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)
有初速度， 下一步骤的速度呢？
看看原子坐标， 有小小移动吗？
受力情况如何？
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4楼2013-02-14 09:02:30
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 鼓励交流 2013-02-16 10:45:26
引用回帖:
4楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-02-14 09:02:30
有初速度， 下一步骤的速度呢？
看看原子坐标， 有小小移动吗？
受力情况如何？

下一步还是保持原速度，粒子位置没动。
估计是粒子运动积分的group定义有问题。即（fix 4 al  nve）。但是我看说明没有要用到命令积分运动方程啊？
有没有什么方法让喷涂粒子的运动速度保持初速度，然后喷到基底表面的阶段半径内相互作用？
PS：如果对所有粒子all进行NVE积分的话，喷涂粒子有运动，但是运动太剧烈了，并且大部分在insert 的空间内运动，体系温度很高10000K...
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我是胖人，不是粗人
5楼2013-02-14 23:41:15
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)
具体的只有靠你自己去摸索， 看dump等输出，仔细琢磨。 你的模型不算复杂，应该容易实现的。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

paladinlee
6楼2013-02-15 08:42:55
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by paladinlee at 2013-02-16 06:02:15
请问喷涂粒子的group的该怎么定义？我用type或者region之类的定义，产生初始喷涂粒子group的粒子数为0，最终导致粒子不能运动。...

可以用不同的原子或分子类型。
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10楼2013-02-16 21:01:35
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