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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Pd（100）吸附 CO G09
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026li

金虫 (小有名气)

[交流] Pd（100）吸附 CO G09

用G09计算Pd在100晶面上吸附CO，采用的是上层9个原子，下层4个原子的cluster模型，在吸附中Pd原子的结晶学位置固定，优化产生两个问题：
1. 优化好的结构，单独算freq。总是不收敛，几遍是收敛也会产生连个虚频，-810和-270. 其中-810是CO的C在晶面上的摆动，-270是Pd原子的振动。尝试用Gview消虚频，但是不收敛。请问如何消除这样的虚频？
2.如果不固定原子的坐标优化，不能保持Pd的结构，做这种吸附正确的方法是怎么做的？请大家给点意见。
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1楼 2013-02-05 16:55:13
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026li

金虫 (小有名气)
补充一个问题：看到很多文献计算这种吸附都是采用MS和VASP的软件来做，周期性边界条件建模，那用G09算cluster不可行吗？
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2楼2013-02-05 16:57:31
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275560060

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+2, 谢谢回复~ 2013-02-06 19:22:32
026li: 金币+3 2013-02-06 20:26:56
我觉得采用团簇模型也是可以的，但你的表面原子给的太少了，不能反应表面性质。另外，既然固定Pt原子，又去计算全局的频率这不是个矛盾吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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026li
3楼2013-02-06 15:20:39
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026li

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 275560060 at 2013-02-06 15:20:39
我觉得采用团簇模型也是可以的，但你的表面原子给的太少了，不能反应表面性质。另外，既然固定Pt原子，又去计算全局的频率这不是个矛盾吗？

我是先固定优化，然后算单点的频率，这时Pd原子有虚频，吸附C=O也有虚频，请教一下，我该怎么办呢？
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4楼2013-02-06 20:26:47
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yanrding

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
"尝试用Gview消虚频，但是不收敛。"
这个不能作为虚频消不掉的理由，你得想办法让它收敛。

另外，查一下freq里面的关键字atoms，看是否有用。
The keywords atoms and notatoms can be used to define an atom list whose modes should be included/excluded (respectively).
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5楼2013-02-06 21:28:58
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meteoric30

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
026li: 金币+3 2013-02-07 08:42:03
cenwanglai: 金币+2, ~ 2013-02-07 22:59:30
本来用g算晶面问题本身就有问题，不过有相关的文献，边界等效应太明显了，计算时间也长，楼主为什么不用vasp等。如果非要用g，模型是主要的问题。
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6楼2013-02-07 00:17:32
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026li

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by meteoric30 at 2013-02-07 00:17:32
本来用g算晶面问题本身就有问题，不过有相关的文献，边界等效应太明显了，计算时间也长，楼主为什么不用vasp等。如果非要用g，模型是主要的问题。

因为组里只有G09，技术问题，只能用G09来做。
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7楼2013-02-07 08:41:57
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