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seamas_gao2

新虫 (小有名气)

[求助] 请问“Forward primer”和“Upper Oligo”有什么区别?

今天在学习Oligo的用法,发现界面上有两对引物可以选,一对是“Forward Primer和Reverse Primer”,另一对是“Upper Oligo和Lower Oligo”。请问这两对引物有什么区别呢?

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gyesang

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
seamas_gao2: 金币+10, 有帮助, 十分感谢! 2013-02-28 16:02:45
引用回帖:
7楼: Originally posted by slotsma at 2013-01-31 17:39:50
只要第一组引物各个指标合适,候选引物就没有必要了。引物选择又没有标准答案,有时候也没有完美的答案,多比较进行取舍,选择最合适的。具体还要看说明书 结合自己的用途进行选择。
...

引物的名字可以有很多种叫法:
中文的上游引物,有forward primer 正向引物
                  upper primer
                           sense primer
中文的下游引物,有reverse primer 方向引物
                  lower primer
                           anti-sense primer
反正有这几种说法,没有什么区别,但需配对使用 forward 对 reverse,upper 对 lower, sense 对 anti-sense
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
8楼2013-01-31 23:28:35
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
seamas_gao2: 金币+5, 有帮助, 十分感谢! 2013-02-28 16:02:16
个人理解,这两对引物应该就是我们通常讲的上下游引物,这个叫法也许是软件自己的讲法。
生物化学与分子生物学
2楼2013-01-30 17:34:12
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slotsma

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
seamas_gao2: 金币+5, 有帮助, 十分感谢! 2013-02-28 16:02:30
"Lower Oligo - a negative strand oligonucleotide that has been selected for
analysis. The Lower Oligo can be manually selected by the user or
automatically selected by OLIGO during TaqMan search."
"Upper Oligo - a positive strand oligonucleotide that has been selected for
analysis. The Upper Oligo can be manually selected by the user or
automatically selected by OLIGO during TaqMan search." 摘自http://www.oligo.net/oligo_7_manual.pdf
意思就是待分析的寡聚核苷酸(候选引物),可以手动选择,也可以由程序搜索得到
3楼2013-01-30 20:47:43
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seamas_gao2

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by slotsma at 2013-01-30 20:47:43
"Lower Oligo - a negative strand oligonucleotide that has been selected for
analysis. The Lower Oligo can be manually selected by the user or
automatically selected by OLIGO during TaqMan sear ...

那你的意思是它们是另一组的候选,有第一组了,就不用这一组了是吗
4楼2013-01-31 08:21:34
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