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jluyxy

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[求助] 组织蛋白酶Ｌ的空腔

请问组织蛋白酶L的S2,S3口袋分别是由哪几个氨基酸残基构成的啊

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附件 1 : 2XU5.pdb

2013-01-23 15:14:06, 186.44 K

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1楼 2013-01-23 15:15:19

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

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jluyxy: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-23 19:03:46
zh1987hs: 金币+3, jiao版是VMD控啊~哈哈 2013-01-26 17:39:17

求赐教和为S2,S3口袋？

下图是使用VMD 观看你附件里的图像显示，如果你能直接看出来S2,S3口袋的话，你可以在VMD 中把这个口袋选择出来

set sel [atomselect top "S2,S3口袋"]
$sel get resname
$sel get resid
选择出来之后就可以使用两个 get 命令把这些氨基酸选出来了。

或者你可以试试根据二级结构来求啊。

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2楼2013-01-23 16:01:15

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游子8921

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游子8921

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引用回帖:

2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-23 16:01:15
求赐教和为S2,S3口袋？

下图是使用VMD 观看你附件里的图像显示，如果你能直接看出来S2,S3口袋的话，你可以在VMD 中把这个口袋选择出来

set sel
$sel get resname
$sel get resid
选择出来之后就可以使用 ...

atomselect top "S2,S3口袋"]
不能输入汉字吧？请指教

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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能