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tmdabc金虫 (小有名气)
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[求助]
紧急求助！我的RT-PCR数据怎么做成可以发文章的图？
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急求大侠指点， （我的数据，还有处理到2^-ΔΔt这一步出现的问题1，都在附件里，） 问题1，如下，我测上清HBV拷贝数，没有内参，看RNAi、drug及联用作用，delta delta t是用实验平均值减去空白对照平均值。 control RNAi drug RNAi+drug 21.13 25.63 22.81 23.41 23.37 23.45 24.44 24.4 23.2 22.96 23.07 23.78 平均22.566 24.013 23.44 23.86333333 0 1.446666667 0.873333 1.296666667 ：减去空白对照 1 0.366868091 0.545884132 0.407065634 ： 2^(-△△Ct) 問題 ： 处理效果强弱顺序CT值和2^(-△△Ct)不匹配-----因为drug的△△Ct结果在0-1，所以。。。 问题2， 应该做什么样的图？ xy坐标分别写什么？ 误差棒怎么加？ 显著性怎么标注？ 图示标注解释怎么写？ O(∩_∩)O谢谢[ Last edited by tmdabc on 2013-1-18 at 20:41 ] |
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2013-01-18 18:58:49, 10 K
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cicelyzh
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【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 你的回帖内容很有质量，鼓励应助！ 2013-01-20 19:22:11
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 你的回帖内容很有质量，鼓励应助！ 2013-01-20 19:22:11
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看到这个才发现没有内参的表达，所以你做的是绝对定量，不能用2^(-△△Ct)，而是2^(-△Ct)。绝对定量时对样品反转录时RNA量的控制要求很严格。而且需要同一次反转录的样品来做定量。 至于内参，不一定是GAPDH，只是这个基因常用。你根据需要可以选取其它的基因，只要是表达稳定的基因就可以了。 此外，你这样的数据是一次处理的三个technical repeat，不是biological repeat，不具备显著性分析的可能。理论上做误差也是应该用biological repeats之间的，你实在不行把这三个tehnical repeats的SD放上去，不过我认为是不合适的。 至于作图，大家也给你分析了，Y轴就是表达量了，X轴是不同的样品。 |
16楼2013-01-20 01:44:01
2楼2013-01-18 20:52:32
dongyan08
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tmdabc3楼2013-01-18 21:12:41
tmdabc
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4楼2013-01-19 01:09:06