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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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vc15ren

银虫 (小有名气)

[交流] 请教CIF文件改错

我的CIF文件中本来没有氢键信息,请教同学说把ACC文件中的氢键信息加了上去,复制如下:
N       H0A     O2          0.8600     2.0700   2.699(4)     130.00     .   yes
O1      H1A     O2          0.8200     1.8500   2.667(4)     176.00    5_665 yes
N       H0B     O2          0.8600     2.4000   3.121(4)     142.00    8_565 yes
C3      H3A     O1          0.9300     2.3600   2.699(5)     101.00     .   yes
可是一查错发现有三个A类错误复制如下:
Alert level A
PLAT707_ALERT_1_A D...A   Calc   22.780(6), Rep    3.121(4), Dev..    3276.50 Sigma
              N    -O2      1.555   8.565                                      
PLAT726_ALERT_1_A H...A   Calc    22.58000, Rep     2.40000 Dev...      20.18 Ang.
              H2#  -O2      1.555   8.565                                      
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc      102.00, Rep      142.00 Dev...      40.00 Deg.
              N    -H2#  -O2      1.555   1.555   8.565                        
我不知道怎么改了,请求各位高手帮忙,给小弟点意见,不甚感激!
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chakeh

金虫 (小有名气)

你用什么软件,会生成ACC文件
2楼2007-08-07 10:40:58
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hqzhang80

木虫 (小有名气)

用PLATON会生成ACC文件,可以把氢键信息显示出来。
3楼2007-08-07 11:28:16
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chakeh

金虫 (小有名气)

从ins文件中将要显示氢键的两个原子及相应对称码输入,用HTAB指令,就没有这种问题,不过麻烦一点

[ Last edited by chakeh on 2007-8-7 at 16:15 ]
4楼2007-08-07 16:13:08
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happpy

木虫 (正式写手)

学习的……
5楼2007-08-07 21:52:28
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子男

木虫 (著名写手)


学习中---------------------------------------------
6楼2007-08-08 09:26:50
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chinahuihui

金虫 (小有名气)

通过使用PLATON中的Hbound功能,会在lis文件中找到你要的氢键信息。
7楼2007-08-08 09:34:38
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)

最好结合eqiv和HTAB命令,通过XL得到CIF文件会产生氢键的。至于对称代码可以通过envi得到,cif中的氢键是比较特殊的,所有的氢键给体都处于原始位置既1555,其它的受体是具有对称代码的,可以通过envi H。。。 2得到,具体见陈小明的书。
8楼2007-08-08 11:07:26
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)

另外,platon得到的对称代码和xp中的对不上,我发现这个问题很久了,不知道什么原因。
9楼2007-08-08 11:08:36
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douvei

金虫 (正式写手)

有时键长和键角也对不上

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10楼2007-08-18 22:12:58
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