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cinema1980木虫 (著名写手)
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[求助]
菜鸟提问：使用phylip序列必需先比对么？能直接用长度不同的序列bootstraping么？
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长度互不相同的一组DNA序列，比如说10条序列，长度分别为100，200，300，...，1000。我自己弄了一个进化距离，就叫“好用”。用“好用”得到了10条序列的距离矩阵，用phylip中的nj法生成了进化树。我想用phylip的bootstraping功能检验一下我的“好用”效果怎么样？可是我的10条序列，长度分别为100，200，300，...，1000。怎么办呢？貌似phylip的infile都要求序列长度都一样？长度不一样的要先比对，插入gap得到长度一样的序列组？这是必须的么？像我遇到的这种情况怎么办？能直接用长度互不相同的DNA序列进行phylip软件bootstraping功能么？我要检测“好用”，序列中的base不能删减。求高手指导，菜鸟先行谢过！ [ Last edited by cinema1980 on 2013-1-17 at 16:43 ] |
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wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
cinema1980: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢。我举的例子有些夸张。我想了解一下phylip软件的操作问题，你的意思使用bootstraping的序列长度一定得相同。如果10条序列，长度分别为101，102，103，...，110，那么一定得先insertion，得到一样的序列长度，比如说120。然后才能进行bootstraping？ 2013-01-19 07:06:49
感谢参与，应助指数 +1
cinema1980: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢。我举的例子有些夸张。我想了解一下phylip软件的操作问题，你的意思使用bootstraping的序列长度一定得相同。如果10条序列，长度分别为101，102，103，...，110，那么一定得先insertion，得到一样的序列长度，比如说120。然后才能进行bootstraping？ 2013-01-19 07:06:49
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我觉得不可行。 100个BP和200个BP，如果这2条序列真的有进化关系的话，必须有大量的insertion。这个insertion的效果会远远大于你的进化模型的效果 |
2楼2013-01-19 06:20:28
wizardfan
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
cinema1980: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢！原来是bootstrapping算法规定了的，学习了。 2013-01-19 22:49:49
cinema1980: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢！原来是bootstrapping算法规定了的，学习了。 2013-01-19 22:49:49
| bootstrapping的基本原理是，如果是个1000BP长的alignment，算法把这个alignment切成1000份，每份就1个bp长。然后随机产生1000个数字（1-1000），这个数字可以重复。比如第一个随机数是4，就把第4份的alignment放在第一位，然后产生下一个随机数，相应的alignment放在第2位。这样重复1000遍，就可以得到一个1000bp长的alignment，做进化树分析，看和原来的是不是一样。这个过程重复100次以上，然后就得到bootstrapping value。根据算法，如果你开始的alignment不等长，是不能做的。 |
3楼2013-01-19 08:02:27
