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晶晶虫

金虫 (小有名气)

[求助] 想粗略的测试目标蛋白是否与DNA有结合能力,应该用什么方法?

请问研究蛋白质与DNA互作的高手们,如果我只是想粗略的看一下我的目标蛋白是否能结合DNA,最快速的测试方法是什么?除了蛋白质序列结构分析之外的方法。
谢谢啦!
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晶晶虫

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ctt1984 at 2013-01-17 22:37:07
简单的方法就是直接用凝胶阻滞实验。
1,体外适合缓冲液加入你的DNA和蛋白作用一定时间
2,将你的反应液加入琼脂糖孔,另外以你的DNA本身做为对照
3,跑胶
4,紫外下观察是否你的DNA和蛋白反应液那一空滞后于你 ...

你说的是gel shift实验吧 这个实验需要有目标DNA 并对其标记 可是我并没有目标DNA呢
7楼2013-01-18 16:53:39
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
试试gel shift assay.
2楼2013-01-17 08:49:17
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晶晶虫

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-17 08:49:17
试试gel shift assay.

一般gel shift assay要对目的DNA做一个标记 我现在并没有目标DNA呢 如果是用ChIP可以调出目的DNA并做测序出结果,但是不想直接跨到测序的步骤上去,之间能否粗略检测一下蛋白和DNA的结合呢?
3楼2013-01-17 16:47:57
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ccharlien

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 鼓励发帖交流 2013-01-18 05:54:13
晶晶虫: 金币+2 2013-01-18 16:57:12
没有目标DNA看和什么结合呢?
没目标只能做高通量筛选,ChIP-sequence看整个基因组的结合先,这对试验的需求是最小的
当然你也可以用ChIP样品做几个你预测的结合位点的QPCR碰碰运气
4楼2013-01-17 17:58:24
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