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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 想粗略的测试目标蛋白是否与DNA有结合能力，应该用什么方法？
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晶晶虫

金虫 (小有名气)

[求助] 想粗略的测试目标蛋白是否与DNA有结合能力，应该用什么方法？

请问研究蛋白质与DNA互作的高手们，如果我只是想粗略的看一下我的目标蛋白是否能结合DNA，最快速的测试方法是什么？除了蛋白质序列结构分析之外的方法。
谢谢啦！
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1楼 2013-01-16 23:21:22
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试gel shift assay.
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2楼2013-01-17 08:49:17
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晶晶虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-17 08:49:17
试试gel shift assay.

一般gel shift assay要对目的DNA做一个标记 我现在并没有目标DNA呢 如果是用ChIP可以调出目的DNA并做测序出结果，但是不想直接跨到测序的步骤上去，之间能否粗略检测一下蛋白和DNA的结合呢？
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3楼2013-01-17 16:47:57
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ccharlien

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 鼓励发帖交流 2013-01-18 05:54:13
晶晶虫: 金币+2 2013-01-18 16:57:12
没有目标DNA看和什么结合呢？
没目标只能做高通量筛选，ChIP-sequence看整个基因组的结合先，这对试验的需求是最小的
当然你也可以用ChIP样品做几个你预测的结合位点的QPCR碰碰运气
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4楼2013-01-17 17:58:24
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ctt1984

木虫 (正式写手)

初学者

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+3, 谢谢分享经验 2013-01-18 05:53:52
晶晶虫: 金币+2 2013-01-21 19:17:14
简单的方法就是直接用凝胶阻滞实验。
1，体外适合缓冲液加入你的DNA和蛋白作用一定时间
2，将你的反应液加入琼脂糖孔，另外以你的DNA本身做为对照
3，跑胶
4，紫外下观察是否你的DNA和蛋白反应液那一空滞后于你的DNA本身，如果是的话，恭喜你，又结合！！！
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好好做事，踏实做人！
5楼2013-01-17 22:37:07
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
晶晶虫: 金币+2 2013-01-18 17:00:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by 晶晶虫 at 2013-01-17 16:47:57
一般gel shift assay要对目的DNA做一个标记 我现在并没有目标DNA呢 如果是用ChIP可以调出目的DNA并做测序出结果，但是不想直接跨到测序的步骤上去，之间能否粗略检测一下蛋白和DNA的结合呢？...

蛋白在native条件下跑胶。样品经DNase处理，与为经酶处理的比较。如果处理后跑得快了的话有可能是结合DNA的。然后在去分离蛋白DNA复合体，找出靶DNA。
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6楼2013-01-18 07:39:27
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晶晶虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ctt1984 at 2013-01-17 22:37:07
简单的方法就是直接用凝胶阻滞实验。
1，体外适合缓冲液加入你的DNA和蛋白作用一定时间
2，将你的反应液加入琼脂糖孔，另外以你的DNA本身做为对照
3，跑胶
4，紫外下观察是否你的DNA和蛋白反应液那一空滞后于你 ...

你说的是gel shift实验吧 这个实验需要有目标DNA 并对其标记 可是我并没有目标DNA呢
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7楼2013-01-18 16:53:39
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晶晶虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ccharlien at 2013-01-17 17:58:24
没有目标DNA看和什么结合呢？
没目标只能做高通量筛选，ChIP-sequence看整个基因组的结合先，这对试验的需求是最小的
当然你也可以用ChIP样品做几个你预测的结合位点的QPCR碰碰运气

ChIP完了之后如果直接去sequencing花费比较大，有没有办法在ChIP完了之后直接看一下有否结合呢？
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8楼2013-01-18 16:55:10
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晶晶虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-18 07:39:27
蛋白在native条件下跑胶。样品经DNase处理，与为经酶处理的比较。如果处理后跑得快了的话有可能是结合DNA的。然后在去分离蛋白DNA复合体，找出靶DNA。...

如果能这样做的话确实很简单最快的啦，请问你之前有相关经验么，有没有相关的方法和文献呢
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9楼2013-01-18 16:56:47
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 晶晶虫 at 2013-01-18 16:56:47
如果能这样做的话确实很简单最快的啦，请问你之前有相关经验么，有没有相关的方法和文献呢...

我自己没有做过，听seminar的时候看有别人这样做。
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10楼2013-01-19 08:18:00
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