应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 想粗略的测试目标蛋白是否与DNA有结合能力，应该用什么方法？
101/1返回列表
查看: 1261  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

晶晶虫

金虫 (小有名气)

[求助] 想粗略的测试目标蛋白是否与DNA有结合能力，应该用什么方法？

请问研究蛋白质与DNA互作的高手们，如果我只是想粗略的看一下我的目标蛋白是否能结合DNA，最快速的测试方法是什么？除了蛋白质序列结构分析之外的方法。
谢谢啦！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

蛋白质生物学实验经验

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-01-16 23:21:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试gel shift assay.
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-01-17 08:49:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晶晶虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-17 08:49:17
试试gel shift assay.

一般gel shift assay要对目的DNA做一个标记 我现在并没有目标DNA呢 如果是用ChIP可以调出目的DNA并做测序出结果，但是不想直接跨到测序的步骤上去，之间能否粗略检测一下蛋白和DNA的结合呢？
赞一下 回复此楼
3楼2013-01-17 16:47:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccharlien

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 鼓励发帖交流 2013-01-18 05:54:13
晶晶虫: 金币+2 2013-01-18 16:57:12
没有目标DNA看和什么结合呢？
没目标只能做高通量筛选，ChIP-sequence看整个基因组的结合先，这对试验的需求是最小的
当然你也可以用ChIP样品做几个你预测的结合位点的QPCR碰碰运气
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-01-17 17:58:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ctt1984

木虫 (正式写手)

初学者

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+3, 谢谢分享经验 2013-01-18 05:53:52
晶晶虫: 金币+2 2013-01-21 19:17:14
简单的方法就是直接用凝胶阻滞实验。
1，体外适合缓冲液加入你的DNA和蛋白作用一定时间
2，将你的反应液加入琼脂糖孔，另外以你的DNA本身做为对照
3，跑胶
4，紫外下观察是否你的DNA和蛋白反应液那一空滞后于你的DNA本身，如果是的话，恭喜你，又结合！！！
赞一下 回复此楼
好好做事，踏实做人！
5楼2013-01-17 22:37:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
晶晶虫: 金币+2 2013-01-18 17:00:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by 晶晶虫 at 2013-01-17 16:47:57
一般gel shift assay要对目的DNA做一个标记 我现在并没有目标DNA呢 如果是用ChIP可以调出目的DNA并做测序出结果，但是不想直接跨到测序的步骤上去，之间能否粗略检测一下蛋白和DNA的结合呢？...

蛋白在native条件下跑胶。样品经DNase处理，与为经酶处理的比较。如果处理后跑得快了的话有可能是结合DNA的。然后在去分离蛋白DNA复合体，找出靶DNA。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-01-18 07:39:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晶晶虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ctt1984 at 2013-01-17 22:37:07
简单的方法就是直接用凝胶阻滞实验。
1，体外适合缓冲液加入你的DNA和蛋白作用一定时间
2，将你的反应液加入琼脂糖孔，另外以你的DNA本身做为对照
3，跑胶
4，紫外下观察是否你的DNA和蛋白反应液那一空滞后于你 ...

你说的是gel shift实验吧 这个实验需要有目标DNA 并对其标记 可是我并没有目标DNA呢
赞一下 回复此楼
7楼2013-01-18 16:53:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晶晶虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ccharlien at 2013-01-17 17:58:24
没有目标DNA看和什么结合呢？
没目标只能做高通量筛选，ChIP-sequence看整个基因组的结合先，这对试验的需求是最小的
当然你也可以用ChIP样品做几个你预测的结合位点的QPCR碰碰运气

ChIP完了之后如果直接去sequencing花费比较大，有没有办法在ChIP完了之后直接看一下有否结合呢？
赞一下 回复此楼
8楼2013-01-18 16:55:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晶晶虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-18 07:39:27
蛋白在native条件下跑胶。样品经DNase处理，与为经酶处理的比较。如果处理后跑得快了的话有可能是结合DNA的。然后在去分离蛋白DNA复合体，找出靶DNA。...

如果能这样做的话确实很简单最快的啦，请问你之前有相关经验么，有没有相关的方法和文献呢
赞一下 回复此楼
9楼2013-01-18 16:56:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 晶晶虫 at 2013-01-18 16:56:47
如果能这样做的话确实很简单最快的啦，请问你之前有相关经验么，有没有相关的方法和文献呢...

我自己没有做过，听seminar的时候看有别人这样做。
赞一下 回复此楼
10楼2013-01-19 08:18:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 晶晶虫 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 303求调剂 +4 元夕元 2026-03-20 4/200 2026-03-23 19:00 by macy2011
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +8 tcxiaoxx 2026-03-20 9/450 2026-03-23 12:16 by tcxiaoxx
[考研] 352求调剂 +3 大米饭！ 2026-03-22 3/150 2026-03-22 23:28 by king123！
[考研] 307求调剂 +11 冷笙123 2026-03-17 11/550 2026-03-22 20:16 by edmund7
[考研] 考研调剂 +4 来好运来来来 2026-03-21 4/200 2026-03-22 12:15 by 星空星月
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:09 by 星空星月
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 313求调剂 +4 肆叁贰壹22 2026-03-19 4/200 2026-03-21 17:33 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 070300化学319求调剂 +7 锦鲤0909 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:46 by JourneyLucky
[考研] 303求调剂 +5 睿08 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:11 by JourneyLucky
[考研] 初始318分求调剂（有工作经验） +3 1911236844 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:33 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +6 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 7/350 2026-03-21 01:03 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 3/150 2026-03-20 23:24 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭