| 查看: 1457 | 回复: 8 | ||||
| 当前主题已经存档。 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
itismineok捐助贵宾 (正式写手)
|
[交流]
拼接两个蛋白质
|
|||
|
当你的蛋白质能够同时绑定两种配体时(当然两个配体结合在蛋白质的不同区域)，你 现在有complex1(蛋白质和配体1的复合物)，complex2(蛋白质和配体2的复合物)。 你希望得到一个complex3(蛋白质和配体1，2的复合物)。这时你就需要将complex1 和complex2拼接起来形成complex3.具体的方法参看图例： 1，打开DeepView 2，依次输入complex1,complex2 3，合并两个蛋白质：在菜单栏选择Fit-->Magic Fit 4，通过Control Panel(在window菜单下)选择合并到一起的残基 本例中选择complex1中的A链，complex2中全部的原子 5，将选中的原子拼合成complex3(在窗口中显示为_merge_) 在菜单栏选择Edit--->Create Merged Layer from Selection 6, 保存_merge_为complex3.pdb 这样就得到一个complex3(蛋白质和配体1，2的复合物) 以上资料均由KLAG Bioinformatics Lab提供，转载请注明出处。 相关主题：建议开设分子模拟的板块 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=540215&fpage=1 相关主题：分子动力学软件使用感言 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=543040&fpage=1 相关主题：分子动力学方法研究蛋白质与配体相互作用 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542240 相关主题：蛋白质结构编辑工具 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542444&fpage=1 [ Last edited by itismineok on 2007-8-7 at 08:23 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Deepview |
» 猜你喜欢
08工科，295，接受跨专业调剂
已经有4人回复
-
318求调剂
已经有8人回复
-
307分求调剂
已经有4人回复
-
288资源与环境专硕求调剂，不限专业，有学上就行
已经有17人回复
-
085601 329分调剂
已经有6人回复
-
343求调剂
已经有6人回复
-
070300化学求调剂
已经有10人回复
-
学硕274求调剂
已经有17人回复
-
346求调剂 一志愿070303有机化学
已经有11人回复
-
085601 材料工程 313分 求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
7楼2007-08-05 16:08:09
2楼2007-08-05 15:13:15
itismineok
捐助贵宾 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 537.8
- 散金: 50
- 帖子: 372
- 在线: 97.5小时
- 虫号: 425200
- 注册: 2007-07-22
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
|
既然楼上的有兴趣，我当然愿意献丑，不过希望你帮忙，顶一下我的申请贴，没人气啊，都沉了！ http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=540215&fpage=1 |
3楼2007-08-05 15:21:15
itismineok
捐助贵宾 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 537.8
- 散金: 50
- 帖子: 372
- 在线: 97.5小时
- 虫号: 425200
- 注册: 2007-07-22
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
|
楼上的需要具体例子，也就是要我提供complex1,complex2然后用于操作，其实这种蛋白在PDB里有很多，在PDB数据库里找到你感兴趣的蛋白质（complex2）,然后用dock做出complex1,就行了，具体方法可参照下贴： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542240 |
4楼2007-08-05 15:31:58
5