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itismineok捐助贵宾 (正式写手)
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拼接两个蛋白质
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当你的蛋白质能够同时绑定两种配体时(当然两个配体结合在蛋白质的不同区域)，你 现在有complex1(蛋白质和配体1的复合物)，complex2(蛋白质和配体2的复合物)。 你希望得到一个complex3(蛋白质和配体1，2的复合物)。这时你就需要将complex1 和complex2拼接起来形成complex3.具体的方法参看图例： 1，打开DeepView 2，依次输入complex1,complex2 3，合并两个蛋白质：在菜单栏选择Fit-->Magic Fit 4，通过Control Panel(在window菜单下)选择合并到一起的残基 本例中选择complex1中的A链，complex2中全部的原子 5，将选中的原子拼合成complex3(在窗口中显示为_merge_) 在菜单栏选择Edit--->Create Merged Layer from Selection 6, 保存_merge_为complex3.pdb 这样就得到一个complex3(蛋白质和配体1，2的复合物) 以上资料均由KLAG Bioinformatics Lab提供，转载请注明出处。 相关主题：建议开设分子模拟的板块 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=540215&fpage=1 相关主题：分子动力学软件使用感言 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=543040&fpage=1 相关主题：分子动力学方法研究蛋白质与配体相互作用 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542240 相关主题：蛋白质结构编辑工具 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542444&fpage=1 [ Last edited by itismineok on 2007-8-7 at 08:23 ] |
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itismineok
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既然楼上的有兴趣，我当然愿意献丑，不过希望你帮忙，顶一下我的申请贴，没人气啊，都沉了！ http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=540215&fpage=1 |
3楼2007-08-05 15:21:15
2楼2007-08-05 15:13:15
itismineok
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楼上的需要具体例子，也就是要我提供complex1,complex2然后用于操作，其实这种蛋白在PDB里有很多，在PDB数据库里找到你感兴趣的蛋白质（complex2）,然后用dock做出complex1,就行了，具体方法可参照下贴： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542240 |
4楼2007-08-05 15:31:58
5楼2007-08-05 15:53:31
